苍蓝钢铁的琶音 人類因為氣候暖化造成海平面上升的關係而失去大半的陸地。在此的同時，世界各處的海洋出現了搭載著超兵器且被稱為「霧之艦隊」的戰艦群，面對「霧之艦隊」壓倒性的武力，人自再也無法自由航行於大海之上。在這之後過了七年，士官候補生千早群像的面前出現的是「霧之艦隊」的潛水艦「伊401」，千早群像 和原本應該是敵人的潛水艦以及心智模型 伊歐娜 的相遇，這一切將會引導人類走向什麼樣的未來……

故事的男主人公坂本龍太平日里是個一事無成的繭居族，但只要一上網，就成了暢銷線上遊戲「驚爆遊戲」世界中無人能敵的強者。原本每天過著關在家裡打電動的頹廢生活的他，卻不知為何被帶到謎般的無人島上，被迫參加與自己所拿手的網絡對戰遊戲「驚爆遊戲」的真人實境遊戲。

故事描述平凡無奇、將近六十歲的普通上班族犬屋敷壱郎，在家裡不受家人尊敬，也找不到自己活著的目標，還被醫生宣告將不久於人世。失意的他，卻在公園與另一名少年獅子神皓被突如其來的外星生物砸到，整個身體都被摧毀了。不明的外星生物為了不影響地球的秩序，讓犬屋敷和少年重生──他們變成只有外表是人、身體卻由機械所構成，擁有卓絕戰鬥能力的超強人類。兩名尚擁有自己意志的機械人類會用這個力量作出什麼行動？又會對世界帶來什麼影響？

佑河家有一種帶帶相傳的秘術「止界術」。這種秘術可以停止時間。某天佑河樹裡的各個和外甥在從幼兒園回家的時候被挾持，犯人要求佑河樹裡的老爸來付贖金，而且贖金準備時間只有三十分鐘。佑河樹裡明白時間肯定是不夠，抱著與綁匪同歸於盡的覺悟要救出自己的哥哥與外甥，結果祖父及時出面使用了佑河家族代代相傳的秘術，停止了時間。而佑河樹裡通過與靈回忍的融合能夠在停止時間的狀態下自由移動，在要救出家族成員的同時，也有人盯上了「止界術」要來搶奪「止界術之石頭」。

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

季節經過，馬上到了第二年的春天，劣等生哥哥和優等生妹妹。兩人在魔法科高中生活的第一學年即將結束。達也和深雪等人利用春假期間，前往小笠原諸島的某所別墅度假。在短暫的休息當中伸展羽翼的達也等人。但，在這樣的達也等人面前，一位名叫九亞的少女現身了。從海軍基地脫逃的這位少女，向達也傳達了一個請求。

延續動畫的劇情，解釋深海棲艦和吹雪的身世。

滅亡帝國的舊皇子路克斯某天在追趕偷錢包的貓時，無意間掉入了王立士官學園女子宿舍的大浴池，並且撲倒了亞提司瑪特新帝國的公主莉姿夏爾蒂，後來作為懲罰而與莉姿夏爾蒂展開裝甲機龍決鬥，兩人決鬥時突然出現了幻神獸，因為路克斯展現了強大實力擊倒幻神獸，而受到莉姿夏爾蒂的注意，並要他轉入這間只有女性能就讀的學校。

公元2067年，以銀河系邊境的星系為中心，能令患者喪失自我而狂暴化的神秘疾病正在逐漸擴大。察覺事態嚴重性的星間複合企業為了鎮靜這種症狀，將少女組成的戰術音樂組合「Walküre」與執行共同作戰的「Δ部隊」編成到一起。另一方面，「風之王國」中被稱作「空中騎士團」的「謎之Valkyrie部隊」開始行動。在「原始文明的遺產」之謎的交錯當中，超越星系的熱切戀情與友情的物語開幕……

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。