本作故事背景是在一個遙遠的未來，在荒廢的大地上，人類居住在一個巨大移動要塞都市「Plantation」。這些孩子們居住設施的名字叫做「米斯特汀」，通稱鳥籠，他們並不知道外面的世界，也不知道何謂自由，只要被教導著如何駕駛著機器人和「叫竜」這個謎之生物戰鬥。曾經被喻為神童的男主角「016」，和他的朋友們背負著相同的命運，即使在這個封閉的世界，即使所有的一切都被管理著，他們仍然艱苦地生存下來，並且仍舊懷抱著夢想—期許著有一天能夠飛翔到天空。直到有一天，他遇到了一名長著角的謎之少女…

少年開啟了名為「人類未到產物」的潘朵拉之箱。一百年後的未來，人類是否會被進化過度的「物品」所淘汰？那是從現在開始延續的嶄新生存競爭的故事。BEATLESS，那是沒有心跳之物。從來沒人描寫過的，人類的絕望與希望。

「鋼彈模型連線對戰（GBN）」是能在電腦假想空間「Dimension」內，使用鋼彈模型享受執行各種任務樂趣的最新線上遊戲。中學生三上陸與摯友日高勇夫，拉著同班同學矢代桃華，一起進入那片廣大的世界。 他們成為GBN的玩家「潛網者」後，認識了對鋼彈模型有著奇妙感受力的神秘少女莎拉，並開始與她一起行動。Dimension裡有小陸的偶像，冠軍「九條響也」等知名潛網者，有團隊系統讓多名潛行者組成「部隊」，也有使用非法工具 – 外掛貼紙的一群「大潛網者」阻礙他們小陸等人經過了各種相遇與經歷，除了創造鋼彈模型以外，也開始一點一滴地創造自己的冒險！

2010年11月、β世界線。這是「岡部倫太郎」沒能在7月28日救回「牧瀬紅莉栖」之後的故事。對於自己無法拯救紅莉栖而感到失意的岡部，以前往「哥倫比亞大學」就讀為人生目標，展開日復一日的普通大學生活。某天，岡部在協助大學教授進行實驗時，認識了以往和紅莉栖同一組別的教授「亞歷克斯」及前輩「比屋定真帆」。得知他們正在研究將人類記憶輸入電腦並進行活用的全新系統『AMADEUS』的岡部，在系統中遇見被輸入的紅莉栖記憶，因此掀起另一場風波…

故事描述人類將生存圈擴展到全銀河系的遙遠未來，但因財富及政治的糜爛，使得人們逐漸疏於履行民主義務，野心家趁機奪權，建立了專制的銀河帝國。不滿專制的人們展開了逃亡，並且成立了自由行星同盟，自此兩方征戰一百五十餘年……

地球是藍的。哥倆是蠢的。在人類將生活領域和自身欲望擴張到宇宙的時代，尋求自由的人們移民到宇宙中居住，他們的睿智孕育出發達的文明，不知不覺轉變為對地球的一種威脅。地球聯邦政府經歷了與祖母星格蘭地瑪斯有史以來的第四次接觸，也正是從這一年開始，聯邦政府與梅杜斯子民之間的對抗正式拉開帷幕。戰爭永無止境，犧牲不斷增加。為了打開戰局，聯邦政府派出一名英姿颯爽的青年加入戰局。年輕人名叫斯巴魯一之瀨，不僅長相帥氣、成績優異，而且是宇宙戰艦提拉米斯的王牌駕駛員。全人類的希望都寄托在他的身上。然而，他實際上是個難以融入提拉米斯艦內集體生活，整日將自己關在專用機杜蘭德爾駕駛艙內的窩裡蹲……

設定在一個稱作「莫比烏斯」虛擬世界。在莫比烏斯，人們不必承受現實世界中的痛苦，並且可以享受虛擬世界的高中生活。身處在此世界中的主角意識到他們事實上是生活在虛擬世界中。因此他創設了「歸宅部」，目的為逃離莫比烏斯以及監視這個世界的程式「μ」。逃離過程中，「歸宅部」不免與「樂士」對抗。身為「μ」的支持者的團體「樂士」視「歸宅部」為背叛者。

丹尼斯的父母是一對科學家夫婦，他們將除了丹尼斯之外的孩子全都改造成特異人種。某日，秘密島嶼的實驗室被發現了，父母因在自宅進行非法研究而被警察拘捕、孩子們則在社工安排下到另一個小島上居住。問題是，除了丹尼斯以外的四個兄姐各個異於常人，唯一身為「普通人類」的天才老么丹尼斯，究竟能否在順利融入外面的世界同時也隱藏好從小在實驗室長大的這家人的特異身分呢？

打倒了敵人汞合金的九龍、蓋茨等強敵，恢復了以往和平日常的陣代高中。但這樣的日子並未延續多久。持續失態的汞合金開始正式向相良宗介等人發動襲擊。世界各地的秘銀基地遭到強襲！泰莎所容身的美利達島也遭到大量導彈、強襲機兵的攻擊。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介與要！！宗介、要、泰莎等人，再度面臨試煉！！！

《屠殺器官》的舞台將設定在賽拉耶佛核爆後的地球，此時部分落後國家爆發了一連串內戰及民族衝突，在這血腥風暴之中，美國特殊情報部隊「克拉維斯（クラヴィス）」發現了在陰影之下有一名叫「約翰·保羅（ジョン・ポール）」的美國人參與其中，約翰路過之處必定掀起腥風血雨，這讓眾人瘋狂的「屠殺器官」到底是什麼？

人類因為氣候暖化造成海平面上升的關係而失去大半的陸地。在此的同時，世界各處的海洋出現了搭載著超兵器且被稱為「霧之艦隊」的戰艦群，面對「霧之艦隊」壓倒性的武力，人自再也無法自由航行於大海之上。在這之後過了七年，士官候補生千早群像的面前出現的是「霧之艦隊」的潛水艦「伊401」，千早群像 和原本應該是敵人的潛水艦以及心智模型 伊歐娜 的相遇，這一切將會引導人類走向什麼樣的未來……

「GUILTY CROWN」的舞台將設定在2039年的近未來東京，在謎之病毒「Lost Christmas」爆發的10年後，日本政府由多國組成的超國家組織「GHQ」統治，東京的六本木更成為被封鎖的地區。另一方面，在這封鎖的城市裡有著 被稱作「葬儀社」的武裝士兵游擊隊組織與「GHQ」對戰中。而本作的男主角櫻滿集，17歲的高校二年生，他的右手卻寄宿著特殊的能力—— 「王之能力」——能從同伴間取出「反映人格(個性)的物質」，並將他人的能力據為己用。被取出的物質叫做「Void」，除了可以是大劍，也可以是樂器或相 機。雖然集一直也隱藏著他的能力，並儘量避免為其他人製造麻煩。直到當他遇上女主角，「葬儀社」的17歲女首領恙神涯之後，他的人生便從此轉變了……

故事描述平凡無奇、將近六十歲的普通上班族犬屋敷壱郎，在家裡不受家人尊敬，也找不到自己活著的目標，還被醫生宣告將不久於人世。失意的他，卻在公園與另一名少年獅子神皓被突如其來的外星生物砸到，整個身體都被摧毀了。不明的外星生物為了不影響地球的秩序，讓犬屋敷和少年重生──他們變成只有外表是人、身體卻由機械所構成，擁有卓絕戰鬥能力的超強人類。兩名尚擁有自己意志的機械人類會用這個力量作出什麼行動？又會對世界帶來什麼影響？

佑河家有一種帶帶相傳的秘術「止界術」。這種秘術可以停止時間。某天佑河樹裡的各個和外甥在從幼兒園回家的時候被挾持，犯人要求佑河樹裡的老爸來付贖金，而且贖金準備時間只有三十分鐘。佑河樹裡明白時間肯定是不夠，抱著與綁匪同歸於盡的覺悟要救出自己的哥哥與外甥，結果祖父及時出面使用了佑河家族代代相傳的秘術，停止了時間。而佑河樹裡通過與靈回忍的融合能夠在停止時間的狀態下自由移動，在要救出家族成員的同時，也有人盯上了「止界術」要來搶奪「止界術之石頭」。

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

故事發生在每千年回歸一次的彗星造訪過一個月之後，日本某個深山的鄉下小鎮。女高中生三葉每天都過著憂鬱的生活，而她煩惱的不光有擔任鎮長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的城鎮，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對於大都市充滿了憧憬。某一天，她做了一個變成男孩子的夢。在夢中三葉有著陌生的房間、陌生的朋友，而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面，在東京生活的男高中生瀧也做了個奇怪的夢。他在一個從未去過的深山小鎮中，變成了女高中生。「尋找從未見過的你」，兩個陌生人就這樣開始了尋找彼此的歷程。

季節經過，馬上到了第二年的春天，劣等生哥哥和優等生妹妹。兩人在魔法科高中生活的第一學年即將結束。達也和深雪等人利用春假期間，前往小笠原諸島的某所別墅度假。在短暫的休息當中伸展羽翼的達也等人。但，在這樣的達也等人面前，一位名叫九亞的少女現身了。從海軍基地脫逃的這位少女，向達也傳達了一個請求。

延續動畫的劇情，解釋深海棲艦和吹雪的身世。

一個熱愛殭屍，甚至希望能交個殭屍女友的高中男生「降谷千紘」，因為一些因素認識了附近一間貴族學校的千金小姐「散華禮彌」，兩人一起製作復活藥，想要讓降谷的愛貓復活。不料禮彌居然悄悄喝下有毒的復活藥，後來更因為意外死亡，而真的變成殭屍了！夢想成真的千紘面對心之嚮往的殭屍女孩，二人之間又會有怎麼樣的發展……

公元2067年，以銀河系邊境的星系為中心，能令患者喪失自我而狂暴化的神秘疾病正在逐漸擴大。察覺事態嚴重性的星間複合企業為了鎮靜這種症狀，將少女組成的戰術音樂組合「Walküre」與執行共同作戰的「Δ部隊」編成到一起。另一方面，「風之王國」中被稱作「空中騎士團」的「謎之Valkyrie部隊」開始行動。在「原始文明的遺產」之謎的交錯當中，超越星系的熱切戀情與友情的物語開幕……

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。