故事以被稱為「小新秀」的主角貝爾，以及「赫斯緹雅眷族」的主神赫斯緹雅為中心。高掛在天空的月亮照亮著沉浸傳承自神時代慶典「神月祭」的氣氛中的迷宮都市，靜靜著等待著英雄的誕生，以及全新的冒險過程。

季節經過，馬上到了第二年的春天，劣等生哥哥和優等生妹妹。兩人在魔法科高中生活的第一學年即將結束。達也和深雪等人利用春假期間，前往小笠原諸島的某所別墅度假。在短暫的休息當中伸展羽翼的達也等人。但，在這樣的達也等人面前，一位名叫九亞的少女現身了。從海軍基地脫逃的這位少女，向達也傳達了一個請求。

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

走出便利店要回家的高中生菜月昴突然被召喚到異世界，並遭遇強盜迅速面臨性命危機。這時，一名神祕銀髮美少女和貓精靈拯救了一籌莫展的他。以報恩為名義，昴自告奮勇要幫助少女找東西。然而，好不容易才掌握到線索，昴和少女卻被不明人士攻擊而殞命。本來應該就這樣結束，但回過神來，昴卻發現自己置身在第一次被召喚到這個異世界時所在的位置。「死亡回歸」無力的少年得到的唯一能力，是死後時間會倒轉回到開始那一刻。跨越無數絕望，從死亡的命運中開拓未來！

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？