被稱作“第⼗領域”的鄰界，是“準精靈”的少⼥們的戰場。戰場的某處，精靈・時崎狂三甦醒了過來“為什麼會在這⾥，是怎麼到這⾥來的……” “最重要的是，這⾥是什麼地⽅？”尚在迷失中的狂三，⽿朵⾥卻傳⼊⼀段宣⾔： “能活下來的只有⼀個⼈。“ “請盡情享受殺戮吧。“ “願爾餘⽣⽆憾。“絕地求⽣毫⽆徵兆開始， ⼑光劍影突然縈繞狂三，名為“戰爭”的扳機，已被徹底叩響……

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

季節經過，馬上到了第二年的春天，劣等生哥哥和優等生妹妹。兩人在魔法科高中生活的第一學年即將結束。達也和深雪等人利用春假期間，前往小笠原諸島的某所別墅度假。在短暫的休息當中伸展羽翼的達也等人。但，在這樣的達也等人面前，一位名叫九亞的少女現身了。從海軍基地脫逃的這位少女，向達也傳達了一個請求。

路人女主的養成方法 Fine 某個春天的日子，安藝倫也決定做一部以在櫻花飛舞的坡道上命中註定般相遇的少女——加藤惠為女主角的同人遊戲。邀請了加入了美術部、作為同人插畫家活動的澤村·斯潘塞·英梨梨，以及學年第一的優等生、作為輕小說作家活躍的霞之丘詩羽，成立了blessing software。終於發表了第一部作品。 英梨梨和詩羽為了開發遊戲大作《Fields Chronicle》，來到了人氣創作者紅坂朱音的身邊。 blessing software的代表倫也繼續進行社團活動，與副代表惠一起開始了新作的開發。啟用學妹波島出海為插畫師，委託出海的哥哥——伊織為製作人，和冰堂美智留以及她的樂隊——icy tail一起進行新作的開發…… 英梨梨和詩羽的大作究竟如何？倫也和惠的關係有什麼異變？ blessing software究竟將去向何方？圍繞路人女主的青春塗鴉，迎來大結局。