劇場版舞台將設定為 2116 年，日本政府開始向紛爭國輸出西碧拉和雄蜂（ドローン），實驗性導入西碧拉的東南亞聯盟 SEAUn 其管轄的水上都市獲得了安穩生活，但 SEAUn 卻向日本派出恐怖分子企圖攻擊西碧拉系統，而某個男人在那留下了蹤跡，常守朱因此踏上旅途以查明真相。

故事講述在暑假前一天，一個非常炎熱的日子，東京下町區某中學一年級二班的所有男生突然全體失蹤。是出了事故？還是集團拐騙？都不是。 事實上，是他們在河邊的廢棄工廠裡建立了一個所謂的「解放區」，發起了針對大人們的「叛亂」……英治、相原、安永、日比野、天野司、中山瞳、久美子……這些初中一年級的學生，為什麼要這麼做？學校、家長甚至警察又會採取什麼措施？結果又會如何呢？這個曲折有趣的故事，反映了學生學業過重、學校對學生任意進行體罰等種種社會問題。

第 01 話 罪與罰

在日本，擁有女子高中生和殺手雙重面貌的美少女砂羽，生存在黑暗世界下，砂羽唯一能託付心靈是同樣生存在這世界的謎樣少年音不利。這兩人從一次任務認識後，互相吸引直到音不利背叛組織，砂羽追殺他才驚覺萌生出愛情。即使如此暗殺組織的戒律優先執行。最終，砂羽了結這一切後，究竟又到了何處？

全日本最會寫筆記的小學生「青山君」，有著不輸給任何大人，既聰明又優秀的頭腦。某天，親眼目睹一大群阿德利企鵝突然出現在牙科醫院前面，一隻又一隻地搖頭晃腦地排隊踱步，形成不可能在南極以外出現的「企鵝公路」，在小鎮上引起了大騷動！而這群企鵝似乎是被丟到半空中的可樂罐變成的，這是誰做的呢？為了解開這個謎，「青山君」展開一連串「企鵝公路」的研究計畫…

命運之夜——天之杯：惡兆之花 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。