在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾，與沈默寡言的綾波麗不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子裡，彼此鬧出不少的笑話，他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生，不久後，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗。

圖書館沒有兔女郎棲息。梓川咲太顛覆這個常識，遇見了野生的兔女郎。而且她不是普通的兔女郎，是咲太就讀高中的高年級生，目前停止演藝活動的當紅藝人櫻島麻衣學姊。幾天前，她身邊的人們開始看不見她，她似乎正在圖書館驗證這個現象。這難道和網路上流傳的神祕現象「思春期症候群」有關？咲太以查明原因為名目接近麻衣試著解謎，事態卻朝著意外的方向演變 ——？在天空與大海圍繞的這座城鎮，我與她的戀愛故事開始了。

劇情結構屬於一種戲中戲風格。立花源也導演為了替女演員藤原千代子拍攝紀錄片，於是造訪她的住所。藤原千代子曾是相當知名的女演員，後來卻在事業的巔峰時選擇引退，這讓立花源也感到困惑。於是立花源也藉由與藤原千代子的對談中慢慢進入了她的內心世界。

突然襲向全世界的一個前所未有的大災難“第二次沖擊”。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第三新東京市。當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為“使徒”的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人EVA初號機的相遇。雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次沖擊背後的“人類補完計劃”的真相又是什麼？ 掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地註視著苦戰的真嗣……

兩人凍結的內心，在沒有下雪的東京夜空漸漸融化。愛情喜劇，在特別卻又平凡的聖誕節，重新歸來 — 副會長・四宮輝夜與學生會長・白銀御行在秀知院學園的學生會相遇，兩名天才在歷經了漫長的戀愛頭腦戰後，終於向對方表達了自己的心意，在「奉心祭」首度接吻。 然而兩人還是沒有做出明確的告白，原以為就要成為戀人了，但卻依然維持著曖昧關係，反而變得更加在意彼此。兩人就這麼迎向了聖誕節，「渴望變得完美」的白銀，與追求他的「不完美」的輝夜，這是天才們極其「普通」的戀愛故事。

高一那年夏天，帆高離開位在離島的家鄉，獨自一人來到東京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最後來到一間專門出版奇怪超自然刊物的出版社擔任寫手不久。 ，東京開始下起連日大雨，彷彿暗示著帆高不順遂的未來，在這座繁忙城市裡到處取材的帆高邂逅了與弟弟相依為命，不可思議的美少女陽菜。「等等就會放晴了喔。」陽菜這樣告訴著帆高，不久，頭頂的烏雲逐漸散去，耀眼的陽光灑落街道。原來，陽菜擁有「改變天氣」的奇妙能力…… 劇場版: BTSync