在重力已然崩潰的東京，少年與少女的心在互相吸引——因為傾瀉於全世界的泡泡，東京的重力崩潰了。失去了供給的東京，被失去家人，無家可歸的年輕人們當成了遊樂園，他們還在此展開了於建築之間縱橫跳躍的團體跑酷比賽。其中有一個隊伍的王牌選手“響”，以其極為危險的動作引人注目，但在某一天，他因為自己那超脫常規的動作而落入了重力紊亂的海中。而一個有著不可思議力量的少女“歌”突然出現，救下了他的性命。只有他們兩人，能聽到一種特殊的聲音……歌為什麼會出現在響的面前呢？兩人的邂逅，將會帶來改變世界的真相。

在京都居住的內向男高中生直實（北村匠海 配音）的面前，突然出現從10年後穿越而來26歲的自己（松坂桃李 配音）。未來的直實告訴他，自己不久便會與琉璃（濱邊美波 配音）相愛，可是之後煙花大會時她卻會因為一場事故意外離世。為了拯救愛人，16歲的直實捲入了這場現實與虛擬的記憶世界，經歷了一系列超乎想像的事情。即使世界毀滅，我也想再見你一面。 劇場版: BTSync

古色古香的京都，奇妙的戀愛之旅正在展開。春天，黑發少女踏上尋找偽電氣白蘭地的夜之旅，學長卻被從天而降的錦鯉砸暈；夏天，少女在舊書市尋找心愛的童年繪本，學長則面臨殘酷的火鍋地獄；秋天，身背紅鯉魚的少女化身不倒翁公主，與拼死出演頑固王的學長相遇在學園祭的舞台；冬天，手持夢幻感冒藥的少女打倒感冒之神，與學長一起向京都的天空飛去……

突然襲向全世界的一個前所未有的大災難“第二次沖擊”。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第三新東京市。當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為“使徒”的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人EVA初號機的相遇。雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次沖擊背後的“人類補完計劃”的真相又是什麼？ 掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地註視著苦戰的真嗣……

劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。

高一那年夏天，帆高離開位在離島的家鄉，獨自一人來到東京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最後來到一間專門出版奇怪超自然刊物的出版社擔任寫手不久。 ，東京開始下起連日大雨，彷彿暗示著帆高不順遂的未來，在這座繁忙城市裡到處取材的帆高邂逅了與弟弟相依為命，不可思議的美少女陽菜。「等等就會放晴了喔。」陽菜這樣告訴著帆高，不久，頭頂的烏雲逐漸散去，耀眼的陽光灑落街道。原來，陽菜擁有「改變天氣」的奇妙能力…… 劇場版: BTSync