一名紅髮少女偷走魔法王國「夜間飛行」的種子而被追殺著，最終她力量耗盡而落到地面，夜間飛行的種子因此而散落。時光流逝，一名十一歲的女孩瑪麗因搬家緣故，來到她叔母夏洛特的房館開始新生活，並且在新環境認識了一名叫彼得的少年。某天夜晚瑪麗在追逐彼得所飼養的貓咪過程當中，來到了一處森林裡。在森林中瑪麗看到了每隔七年時間才盛開一次的夜間飛行花朵，好奇之下瑪麗便摘了一朵帶回自己的房間裡。之後瑪麗把夜間飛行的不可思議力量用在掃帚上，她便藉著魔力掃帚飛行到藏在天空雲海內的魔法大學，就此展開了一段不可思議經歷。

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

故事的主舞台設在天才魔法師 惠惠 的故鄉－－紅魔之里。和真一行人將陪同惠惠回鄉，並面對意想不到的敵人，以及因為進入桃花期而囂張的和真。

古色古香的京都，奇妙的戀愛之旅正在展開。春天，黑發少女踏上尋找偽電氣白蘭地的夜之旅，學長卻被從天而降的錦鯉砸暈；夏天，少女在舊書市尋找心愛的童年繪本，學長則面臨殘酷的火鍋地獄；秋天，身背紅鯉魚的少女化身不倒翁公主，與拼死出演頑固王的學長相遇在學園祭的舞台；冬天，手持夢幻感冒藥的少女打倒感冒之神，與學長一起向京都的天空飛去……