缺乏自信的高中女生永阪霞，某一天在不可思議的聲音引導被召喚到了異世界巴貝爾大陸。那是個被傳說的存在·暗黑龍戴斯特魯克封印了煉金術和魔法，“暗之魔人”橫行的世界。小霞和召喚她至此的魔法使莉茲，還有槍手艾德加相遇。莉茲本打算是召喚能封印“暗黑的幻影兵的”人，不過小霞並沒有那樣的力量。莉茲和艾德加因指望落空而感到沮喪，但也不能放著小霞不管，於是帶著她一起前往抵抗軍的村莊。在那兒，小霞發燒倒下了。小霞身在巴貝爾大陸卻毫無力量…

走出便利店要回家的高中生菜月昴突然被召喚到異世界，並遭遇強盜迅速面臨性命危機。這時，一名神祕銀髮美少女和貓精靈拯救了一籌莫展的他。以報恩為名義，昴自告奮勇要幫助少女找東西。然而，好不容易才掌握到線索，昴和少女卻被不明人士攻擊而殞命。本來應該就這樣結束，但回過神來，昴卻發現自己置身在第一次被召喚到這個異世界時所在的位置。「死亡回歸」無力的少年得到的唯一能力，是死後時間會倒轉回到開始那一刻。跨越無數絕望，從死亡的命運中開拓未來！

故事發生在每千年回歸一次的彗星造訪過一個月之後，日本某個深山的鄉下小鎮。女高中生三葉每天都過著憂鬱的生活，而她煩惱的不光有擔任鎮長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的城鎮，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對於大都市充滿了憧憬。某一天，她做了一個變成男孩子的夢。在夢中三葉有著陌生的房間、陌生的朋友，而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面，在東京生活的男高中生瀧也做了個奇怪的夢。他在一個從未去過的深山小鎮中，變成了女高中生。「尋找從未見過的你」，兩個陌生人就這樣開始了尋找彼此的歷程。

劇場版 デジモンアドベンチャーtri 第4章「喪失」

一名紅髮少女偷走魔法王國「夜間飛行」的種子而被追殺著，最終她力量耗盡而落到地面，夜間飛行的種子因此而散落。時光流逝，一名十一歲的女孩瑪麗因搬家緣故，來到她叔母夏洛特的房館開始新生活，並且在新環境認識了一名叫彼得的少年。某天夜晚瑪麗在追逐彼得所飼養的貓咪過程當中，來到了一處森林裡。在森林中瑪麗看到了每隔七年時間才盛開一次的夜間飛行花朵，好奇之下瑪麗便摘了一朵帶回自己的房間裡。之後瑪麗把夜間飛行的不可思議力量用在掃帚上，她便藉著魔力掃帚飛行到藏在天空雲海內的魔法大學，就此展開了一段不可思議經歷。

在人與妖怪之間過著忙碌日子的夏目，偶然與以前的同學結城重逢，由此回憶起了被妖怪纏身的苦澀記憶。此時，夏目認識了在歸還名字的妖怪記憶中出現的女性，津村容莉枝。和玲子相識的她，現在和獨子椋雄一同過著平穩的生活。夏目通過與他們的交流，心境也變得平和。但這對母子居住的城鎮，卻似乎潛伏著神秘的妖怪。在調查此事歸來後，寄生於貓咪老師身體的妖之種，在藤原家的庭院中，一夜之間就長成樹結出果實。而吃掉了與自己形狀相似果實的貓咪老師，竟然分裂成了三個！？