劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。

知道天空有多藍的人啊/見過湛藍天空的人啊 居住於被山環繞的小鎮，17 歲的高二生相生葵無意於備考，只顧著彈奏最喜歡的貝斯，沉浸在音樂的世界中，讓姊姊茜擔心不已。姊妹倆在 13 年前失去了父母，當時高三的茜原本打算與戀人一起到東京發展，卻因為這起事件放棄上京，放棄戀愛、青春，毅然決定扶養妹妹長大。某天鎮上舉辦音樂祭，出現在演出名單上的「金室慎之介」，是姊姊茜以前的戀人，也是教會葵音樂美好之處的人。此時，「他」突然出現了。「他」是從過去穿越而來的 18 歲的慎之。從沒想過會再與高中生姿態的慎之介再相會，葵漸漸愛上了他……連結過去與未來，四人之間揪心的四角關係，「第二次的初戀」即將展開。

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真希波奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣，但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……

偶然相遇的類型完全不同的【朱里】和【由奈】，朱里的小舅子【理央】和由奈的青梅竹馬【和臣】住在同一棟公寓，上同一所學校的高中1年級。憧憬理央的由奈，抱著對朱里不能說的想法的理央，抱著秘密的朱里，目擊了某個秘密的和臣。各自的想法錯綜複雜地交織在一起，越想對方就越擦肩而過——痛苦的戀情開始了。

突然襲向全世界的一個前所未有的大災難“第二次沖擊”。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第三新東京市。當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為“使徒”的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人EVA初號機的相遇。雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次沖擊背後的“人類補完計劃”的真相又是什麼？ 掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地註視著苦戰的真嗣……

向水雛子是一個衝浪愛好者，因為大學的關係而要搬到海邊城市居住，她雖在海浪之上無所畏懼，但卻對自己的未來沒有自信。在一次火災中，雛子與消防員雛罌粟港結緣，兩人很快便墜入愛河，但就在兩人發展成密不可分的關係時，港卻在一次海難意外中失去性命。再也無法面對自己最喜歡的大海，日漸憔悴的雛子，某天無意中哼起了兩人常唱的歌曲時，港卻在水中出現，並說： “我們不是已經約好了嗎？我會一直幫助雛子的。” 雛子很高興再次見到已經死去的港，但為何要為這對情侶的未來帶來奇蹟？港再次出現的目的又是什麼？