描繪福島的現在，再平常不過的相遇的故事。這個世界，仍然有愛。

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真希波奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣，但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……

知道天空有多藍的人啊/見過湛藍天空的人啊 居住於被山環繞的小鎮，17 歲的高二生相生葵無意於備考，只顧著彈奏最喜歡的貝斯，沉浸在音樂的世界中，讓姊姊茜擔心不已。姊妹倆在 13 年前失去了父母，當時高三的茜原本打算與戀人一起到東京發展，卻因為這起事件放棄上京，放棄戀愛、青春，毅然決定扶養妹妹長大。某天鎮上舉辦音樂祭，出現在演出名單上的「金室慎之介」，是姊姊茜以前的戀人，也是教會葵音樂美好之處的人。此時，「他」突然出現了。「他」是從過去穿越而來的 18 歲的慎之。從沒想過會再與高中生姿態的慎之介再相會，葵漸漸愛上了他……連結過去與未來，四人之間揪心的四角關係，「第二次的初戀」即將展開。

故事發生在每千年回歸一次的彗星造訪過一個月之後，日本某個深山的鄉下小鎮。女高中生三葉每天都過著憂鬱的生活，而她煩惱的不光有擔任鎮長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的城鎮，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對於大都市充滿了憧憬。某一天，她做了一個變成男孩子的夢。在夢中三葉有著陌生的房間、陌生的朋友，而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面，在東京生活的男高中生瀧也做了個奇怪的夢。他在一個從未去過的深山小鎮中，變成了女高中生。「尋找從未見過的你」，兩個陌生人就這樣開始了尋找彼此的歷程。

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。