突然襲向全世界的一個前所未有的大災難“第二次沖擊”。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第三新東京市。當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為“使徒”的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人EVA初號機的相遇。雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次沖擊背後的“人類補完計劃”的真相又是什麼？ 掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地註視著苦戰的真嗣……

劇情結構屬於一種戲中戲風格。立花源也導演為了替女演員藤原千代子拍攝紀錄片，於是造訪她的住所。藤原千代子曾是相當知名的女演員，後來卻在事業的巔峰時選擇引退，這讓立花源也感到困惑。於是立花源也藉由與藤原千代子的對談中慢慢進入了她的內心世界。

「為心愛之人，送上最後一封信。」 戰爭結束已數年過去，科技的進步為生活帶來了改變，只是薇爾莉特仍然思念著重要之人，堅信著向她說出「我愛你」的基爾伯特少校還活著。逢每個月少校母親的忌日薇爾莉特都會前去獻花致意，雖然少校哥哥迪托夫里特勸薇爾莉特別再掛心基爾伯特的生死，但薇爾莉特卻表示：「只要活著，便無法忘記。」 與此同時，薇爾莉特接到了一位病重男孩的代筆委託，而在郵政公司的倉庫中也發現了一封收信地址不明的信件……

思春期症候群—這是在網路上流傳，只會發生在青少年身上的神祕事件。「聽見某人的心聲」也好、「遇見某人的未來」也好 、「誰和誰的人格交換」也好，都是被稱為思春期症候群，沒人相信的都市傳說。 就讀峰原高中二年級的梓川咲太在某天幫妹妹在圖書館借書時，偶然遇見野生的兔女郎，而那個兔女郎的真實身分是家喻戶曉的、已引退兩年的藝人、三年級的櫻島麻衣，她因為思春期症候群的症狀而逐漸被人遺忘，而咲太為了幫她而逐漸親近在學校被當成空氣的麻衣。

路人女主的養成方法 Fine 某個春天的日子，安藝倫也決定做一部以在櫻花飛舞的坡道上命中註定般相遇的少女——加藤惠為女主角的同人遊戲。邀請了加入了美術部、作為同人插畫家活動的澤村·斯潘塞·英梨梨，以及學年第一的優等生、作為輕小說作家活躍的霞之丘詩羽，成立了blessing software。終於發表了第一部作品。 英梨梨和詩羽為了開發遊戲大作《Fields Chronicle》，來到了人氣創作者紅坂朱音的身邊。 blessing software的代表倫也繼續進行社團活動，與副代表惠一起開始了新作的開發。啟用學妹波島出海為插畫師，委託出海的哥哥——伊織為製作人，和冰堂美智留以及她的樂隊——icy tail一起進行新作的開發…… 英梨梨和詩羽的大作究竟如何？倫也和惠的關係有什麼異變？ blessing software究竟將去向何方？圍繞路人女主的青春塗鴉，迎來大結局。

2007年的東京，遠野貴樹在從事系統工程師的工作，過著忙碌的日子。出來社會工作後，季節和季節、年和年之間的區分變得曖昧起來，不知不覺就過了數年。那年年尾，貴樹和交往了3年的水野理紗分手了。 2008年，貴樹在春天來臨前辭職了。他既覺得有無數的理由要他這樣做，同時又覺得能令自己接受的理由其實一個也沒有。不久空氣慢慢變得暖和，櫻花的季節也到訪東京。在一個恬靜的平日，中午過後，貴樹披上薄外套，走在街上。經過鐵道時，與迎面而來的女子擦肩而過的瞬間，猛然想起了多年未見的明里。在通過鐵道緩緩轉過身，兩人目光交錯，就在心與記憶即將沸騰的瞬間，卻被疾馳而過的小田急線列車擋住了視線。而在電車通過時貴樹就已在心中下了決定，待電車通過後發現女子早已離去時微微一笑轉過身去。 劇場版: BTSync