本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

2007年的東京，遠野貴樹在從事系統工程師的工作，過著忙碌的日子。出來社會工作後，季節和季節、年和年之間的區分變得曖昧起來，不知不覺就過了數年。那年年尾，貴樹和交往了3年的水野理紗分手了。 2008年，貴樹在春天來臨前辭職了。他既覺得有無數的理由要他這樣做，同時又覺得能令自己接受的理由其實一個也沒有。不久空氣慢慢變得暖和，櫻花的季節也到訪東京。在一個恬靜的平日，中午過後，貴樹披上薄外套，走在街上。經過鐵道時，與迎面而來的女子擦肩而過的瞬間，猛然想起了多年未見的明里。在通過鐵道緩緩轉過身，兩人目光交錯，就在心與記憶即將沸騰的瞬間，卻被疾馳而過的小田急線列車擋住了視線。而在電車通過時貴樹就已在心中下了決定，待電車通過後發現女子早已離去時微微一笑轉過身去。 劇場版: BTSync

「為心愛之人，送上最後一封信。」 戰爭結束已數年過去，科技的進步為生活帶來了改變，只是薇爾莉特仍然思念著重要之人，堅信著向她說出「我愛你」的基爾伯特少校還活著。逢每個月少校母親的忌日薇爾莉特都會前去獻花致意，雖然少校哥哥迪托夫里特勸薇爾莉特別再掛心基爾伯特的生死，但薇爾莉特卻表示：「只要活著，便無法忘記。」 與此同時，薇爾莉特接到了一位病重男孩的代筆委託，而在郵政公司的倉庫中也發現了一封收信地址不明的信件……

故事發生在八月一日的茂下町，當時全町正舉辦煙火大會，主角島田典道和夥伴們就煙花的一些事情起爭論，但吵了一陣子後還是沒有結果，於是他們決定到燈塔觀賞煙花，以解決彼此的困惑。同時，典道班上的班花及川奈砂亦因母親再婚一事感到苦惱。後來她突發奇想，提議與典道一行人比賽游泳，再與勝者私奔。由此刻開始，典道為著追求某些結果而不斷努力，直至他最後看到的那幕煙花……

劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。