在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾，與沈默寡言的綾波麗不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子裡，彼此鬧出不少的笑話，他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生，不久後，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗。

古色古香的京都，奇妙的戀愛之旅正在展開。春天，黑發少女踏上尋找偽電氣白蘭地的夜之旅，學長卻被從天而降的錦鯉砸暈；夏天，少女在舊書市尋找心愛的童年繪本，學長則面臨殘酷的火鍋地獄；秋天，身背紅鯉魚的少女化身不倒翁公主，與拼死出演頑固王的學長相遇在學園祭的舞台；冬天，手持夢幻感冒藥的少女打倒感冒之神，與學長一起向京都的天空飛去……

2007年的東京，遠野貴樹在從事系統工程師的工作，過著忙碌的日子。出來社會工作後，季節和季節、年和年之間的區分變得曖昧起來，不知不覺就過了數年。那年年尾，貴樹和交往了3年的水野理紗分手了。 2008年，貴樹在春天來臨前辭職了。他既覺得有無數的理由要他這樣做，同時又覺得能令自己接受的理由其實一個也沒有。不久空氣慢慢變得暖和，櫻花的季節也到訪東京。在一個恬靜的平日，中午過後，貴樹披上薄外套，走在街上。經過鐵道時，與迎面而來的女子擦肩而過的瞬間，猛然想起了多年未見的明里。在通過鐵道緩緩轉過身，兩人目光交錯，就在心與記憶即將沸騰的瞬間，卻被疾馳而過的小田急線列車擋住了視線。而在電車通過時貴樹就已在心中下了決定，待電車通過後發現女子早已離去時微微一笑轉過身去。 劇場版: BTSync

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

思春期症候群—這是在網路上流傳，只會發生在青少年身上的神祕事件。「聽見某人的心聲」也好、「遇見某人的未來」也好 、「誰和誰的人格交換」也好，都是被稱為思春期症候群，沒人相信的都市傳說。 就讀峰原高中二年級的梓川咲太在某天幫妹妹在圖書館借書時，偶然遇見野生的兔女郎，而那個兔女郎的真實身分是家喻戶曉的、已引退兩年的藝人、三年級的櫻島麻衣，她因為思春期症候群的症狀而逐漸被人遺忘，而咲太為了幫她而逐漸親近在學校被當成空氣的麻衣。