偶然相遇的類型完全不同的【朱里】和【由奈】，朱里的小舅子【理央】和由奈的青梅竹馬【和臣】住在同一棟公寓，上同一所學校的高中1年級。憧憬理央的由奈，抱著對朱里不能說的想法的理央，抱著秘密的朱里，目擊了某個秘密的和臣。各自的想法錯綜複雜地交織在一起，越想對方就越擦肩而過——痛苦的戀情開始了。

季節變遷，高木與西片升上了初中三年級。儘管周圍的人們開始考慮起各自的將來、不安和期待夾雜在一起，但高木與西片二人的距離還沒發生改變。隨後，初中最後的夏天就要開始了。在暑假開始的前一天，高木與西片在回家的路上偶遇一隻小小的幼貓。他們將那隻貓命名為“花”，於神社中做出了在找到母貓之前要照顧好花的決定。二人一邊回憶起過去，一邊守護著花。這場小小的邂逅，帶來了充滿幸福的盛夏之日，而嶄新的想法也隨之孕育。

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真希波奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣，但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

古色古香的京都，奇妙的戀愛之旅正在展開。春天，黑發少女踏上尋找偽電氣白蘭地的夜之旅，學長卻被從天而降的錦鯉砸暈；夏天，少女在舊書市尋找心愛的童年繪本，學長則面臨殘酷的火鍋地獄；秋天，身背紅鯉魚的少女化身不倒翁公主，與拼死出演頑固王的學長相遇在學園祭的舞台；冬天，手持夢幻感冒藥的少女打倒感冒之神，與學長一起向京都的天空飛去……