繼前次劇場版的劇情，話說到梓川咲太的妹妹—梓川花楓與自己的「思春期症候群」達成和解之後，雙重人格的症狀算是緩解了過來，花楓已經能較為正常地迎接未來的升學生活，時間也來到第三學期即將結束之時，梓川咲太與休學一年的無敵正宮女友櫻島麻衣，即將雙雙走入畢業典禮並面臨大考結果……

喬西的虎與魚 / Jose与虎与鱼们 電影講述的是雙腿不便、很喜歡看書的女性·喬瑟與追逐夢想的青年大學生·鈴川恆夫相遇後所展開的青春戀愛故事。電影由BONES負責製作，於2020年在日本上映。

高中的最後一年。但六花卻……依然是中二病！ 在大學考試逼近的高三的春假，勇太與六花依然在一起生活，但看起來至今依然尚未締結上級契約。就在某天，十花突然說要帶六花去意大利生活：因為工作已經穩定下來，所以想要全家一起搬過去住。雖然勇太對此感到焦急，但也很同意十花「不能放着可能考不進大學的六花不管」的看法。再這樣下去，兩人的關係會出現裂痕。對此感到擔心的丹生谷等人，竟對勇太提出「私奔」的提案？！

故事發生在每千年回歸一次的彗星造訪過一個月之後，日本某個深山的鄉下小鎮。女高中生三葉每天都過著憂鬱的生活，而她煩惱的不光有擔任鎮長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的城鎮，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對於大都市充滿了憧憬。某一天，她做了一個變成男孩子的夢。在夢中三葉有著陌生的房間、陌生的朋友，而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面，在東京生活的男高中生瀧也做了個奇怪的夢。他在一個從未去過的深山小鎮中，變成了女高中生。「尋找從未見過的你」，兩個陌生人就這樣開始了尋找彼此的歷程。

劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。