西元二○九二年夏天—沖繩。與母親深夜和哥哥達也同行，來此地家庭旅行的少女—司波深雪。出生於魔法名門，將來被寄予厚望的她，有一個不擅長面對的人，那就是—哥哥司波達也。然而與哥哥的關係，還有她對哥哥的心，所有一切將由於這個夏天而逐漸改變…

在近未來大都市的某一個角落有著一棟忍者宅邸，住在那裡的忍者一族名為石動，石動家的長女「律花」憧憬著身為學者的父親，並過著平凡幸福的生活。當以為平凡幸福的生活會持續下去時，卻在某一日石動家遭受到了襲擊，平凡幸福的生活遭受到了破壞，面臨絕望的危機，「律花」挺身而出對抗……成為「黑」之化身斬開黑暗！

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？

命運之夜——天之杯2：失去之蝶 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

本作講述小智和皮卡丘來到叢林與一名神秘少年相遇後發生的故事。