本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

故事講述生活在日本九州田舍的十七歲少女，鈴芽遇見了為了尋找門而踏上旅途的青年。追隨青年的腳步，鈴芽來到了山上一片廢墟之地，在這裡靜靜佇立著一扇古老的門，彷彿是崩塌中存留的唯一遺跡。鈴芽彷彿被什麼吸引了一般，將手伸向了那扇門不久之後，日本各地的門開始一扇一扇地打開。據說，開著的門必須關上，否則災禍將會從門的那一邊降臨於現世。

利姆路・坦派斯特為拯救夥伴而進化成為了魔王。在位於他與夥伴們共同建立的魔物之國「魔國聯邦(坦派斯特)」西方的「拉賈小亞國」，有著持有不可思議力量的女王，長久以來圍繞著這個國家的陰謀將掀起漣漪。然而，「食人魔的倖存者」緋色突然出現在利姆路等人面前。利姆路的同伴紅丸等人與這個對他們來說有如大哥般的存在重逢。這段過去一度斷絕的「紅蓮之絆」，如今將成為引發新戰鬥的導火線…！？

場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

季節經過，馬上到了第二年的春天，劣等生哥哥和優等生妹妹。兩人在魔法科高中生活的第一學年即將結束。達也和深雪等人利用春假期間，前往小笠原諸島的某所別墅度假。在短暫的休息當中伸展羽翼的達也等人。但，在這樣的達也等人面前，一位名叫九亞的少女現身了。從海軍基地脫逃的這位少女，向達也傳達了一個請求。

在近未來大都市的某一個角落有著一棟忍者宅邸，住在那裡的忍者一族名為石動，石動家的長女「律花」憧憬著身為學者的父親，並過著平凡幸福的生活。當以為平凡幸福的生活會持續下去時，卻在某一日石動家遭受到了襲擊，平凡幸福的生活遭受到了破壞，面臨絕望的危機，「律花」挺身而出對抗……成為「黑」之化身斬開黑暗！