在近未來大都市的某一個角落有著一棟忍者宅邸，住在那裡的忍者一族名為石動，石動家的長女「律花」憧憬著身為學者的父親，並過著平凡幸福的生活。當以為平凡幸福的生活會持續下去時，卻在某一日石動家遭受到了襲擊，平凡幸福的生活遭受到了破壞，面臨絕望的危機，「律花」挺身而出對抗……成為「黑」之化身斬開黑暗！

隨著荒廢而逐漸滅亡的行星，厄立特里亚。而唯一殘留這片荒蕪的大地上的，就是由以「惑星再生」為夢想而埋首於研究中的科學家夫婦，以及二位女兒，阿米蒂埃和琦莉耶四人組成的弗洛利安家。但是隨著父親葛蘭茲弗洛利安因病倒下，惑星再生的夢想亦就此崩潰了。在這樣的時刻，琦莉耶決定往「遥遠的異世界」尋求醫治父親和惑星再生的希望。然而即使面對姐姐，阿米蒂埃的阻撓下琦莉耶還是執意和青梅竹馬的好友，伊莉絲共同前往遥遠的異世界。而兩人的目的地，就是那個被稱為「地球」的星球的極東地區上的日本。為了找到實現惑星再生夢想「關鍵」的琦莉耶和伊莉絲，把目標指向了住在日本三名少女上……

故事劇情為電視動畫的前傳，3rei系列中衛宮士郎和美遊兩兄妹的故事，「平行世界」中衛宮士郎與朔月美遊初次相遇，美遊的成長經歷和真實身份揭曉，面對朱利安對美遊的「聖杯」覬覦而將其虜走，士郎不敵下瀕死重傷，被神父綺禮所救後獲知朱利安的目的。在間桐櫻付出生命下，士郎利用階級卡化身英靈的贗品，再度闖進恩茲華斯家展開激戰，誓要奪回美遊。最終向聖杯許願讓美遊獲得幸福，從而讓美遊穿越到伊莉雅所在的世界，並與伊莉雅成為朋友，也就是《魔法少女☆伊莉雅》故事的開端。

命運之夜——天之杯3：春之歌 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。

劇場版描述電視動畫本篇半年後，在遠東島國日之本，與卡巴內的威脅對抗，並在穿越前線、被厚重裝甲覆蓋的蒸汽機車（通稱駿城）之一的甲鐵城上生還的生駒等人，在卡巴內與人的攻防戰地、面向日本海的廢棄驛「海門」，與玄路、虎落、海門的人民組成「聯合軍」，謀劃著擊退卡巴內的策略。此時，生駒發現海門一帶的卡巴內擁有受到統領、集團行動的特徵。生駒將此事報告給聯合軍，但卻不被理會，反而因為自己是卡巴內里的緣故而遭到聯合軍的虐待。因憤怒而失去冷靜的生駒決定獨自深入敵境。另一方面，無名開始對一直以來支持著自己的生駒產生了與之前有所不同的感情。但就在此時，她得知了生駒打算獨自深入敵境的消息。與新的卡巴內的戰鬥，以及無名和生駒的命運將會！？ 劇場版: BTSync

故事以一名被孤兒院趕出的少年中島敦為主角，因恰好救出武裝偵探社社員太宰治、解決「食人虎事件」後被推薦入社。隨後陸續有黑手黨成員登場試圖綁架中島，原來敦在黑道中因不知名原因被懸賞七十億。故事中的人物皆有特殊異能力，而人物名與能力名皆與世界上的知名文豪有關。