這是一個禁止一切爭端、一切都由遊戲來定奪的世界「迪司博德」，造物主 特圖在艾爾齊亞的後街小巷，因空腹而倒下了，靠著伊綱的施捨而活了過來。為了答謝伊綱，特圖開始講述六千多年以前的故事。 在無敗的最強玩家 空與白降臨到這個世界的六千多年前，十六種族互相殘殺。大戰期間，有個率領著人類種部落的少年里克，他率領的五年內只有四十八人死亡，並保證了兩千多人的衣食居住。某次，里克相遇了一個脫離群體的機凱種 Schwarzer，從未被傳頌過的故事就此展開序幕。

《來自深淵 深沉靈魂的黎明》是電視動畫片《來自深淵》播出後推出的第一部續篇動畫電影，亦為該系列的第三部動畫電影。該片改編自土筆章人創作的漫畫作品《來自深淵》，電影劇情為全新原創故事。 這個各角落都被探索殆盡的世界，只剩唯一僅存的祕境——大洞穴“阿比斯”。在這個會延伸到哪裡不得而知，且深不見底的巨大縱向洞穴中，除了棲息著各種奇奇怪怪的生物之外，還藏有現今人類製作不出來的珍貴遺物。 “阿比斯”處處不可思議的景象，讓人們為之著迷，並前仆後繼地前去冒險。於是，數度挑戰這巨洞的冒險家們，後來便被稱為“探窟家”。住在建造於阿比斯邊緣的城鎮“奧斯”的孤兒莉可，夢想著有一天要成為像母親那樣的偉大探窟家，力圖解開阿比斯的謎團。 有一天，莉可母親的白笛被人發現，讓她毅然決定要潛入阿比斯深處。而莉可收留的失憶機器人·雷古為了找回自己的記憶，也決心和她同行。莉可在深界四層遭受穿彈獸的毒素折磨，而救了她的人就是“生骸”娜娜奇。娜娜奇加入後，他們繼續往波多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，遇到一個自稱是普魯修卡的女孩。

舞台架構在一個被斷崖絕壁所包圍的孤島。納茲等人為了取回名為「龍之淚」、這把寄宿著過去被人類殺死而充滿憤怒的龍魂的杖，守護世界和平而展開一場又一場的激烈戰鬥。

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

劇場版舞台將設定為 2116 年，日本政府開始向紛爭國輸出西碧拉和雄蜂（ドローン），實驗性導入西碧拉的東南亞聯盟 SEAUn 其管轄的水上都市獲得了安穩生活，但 SEAUn 卻向日本派出恐怖分子企圖攻擊西碧拉系統，而某個男人在那留下了蹤跡，常守朱因此踏上旅途以查明真相。

據說，在這間邊境公會中，有個只靠討伐哥布林就升上銀等（第三位階）的稀有存在……一名女神官成為冒險者後，首次組成隊伍出征，就在冒險中陷入了危機。而拯救了她的，正是那名被稱為“哥布林殺手”的男人。劍之聖女向哥布林殺手提出了委託，拜託他尋找動身前往殲滅哥布林後就一直下落不明的千金劍士，於是哥布林殺手一行人來到了北方的雪山。不管是遭到襲擊的貧窮村落或神秘的禮拜堂，以及這一次哥布林們的行動，這一切在哥布林殺手眼裡都顯得有些不太對勁。