2016年11月，16歲的乙骨憂太因被特級咒靈祈本里香附身，在被同學欺凌時導致對方受重傷，被咒術界判了死刑。祈本里香生前是乙骨憂太的戀人，在6年前去世，並自此成為咒靈附身在乙骨身上。在咒術師五條悟的幫助下，死刑暫緩，乙骨亦在2017年轉學到東京咒術高等專門學校就讀一年級，以找出解除里香詛咒的方法。他雖未學會控制咒力，但因身懷特級咒靈而被評為特級咒術師。他在那裏認識了同級同學禪院真希、狗卷棘、貓熊，並跟他們多次在校外合作祓除咒靈。過了一年，乙骨學會了控制咒力的方法，也跟同學們成為了朋友。 夏油傑是四名特級咒術師之一，也是五條在學生時期的摯友。他的目標為創造只有咒術師的世界，因大量虐殺一般人而被逐出咒術界。2017年12月24日，他發起「百鬼夜行」攻勢，在東京新宿和京都放出數千咒靈，以拖住咒術界大部份人員，趁機到咒術高專奪取力量極為龐大的里香。乙骨看到為阻擋夏油而身受重傷的真希、狗卷、貓熊三人，勃然大怒，叫出里香對抗夏油。他憑着里香的力量，跟夏油打得平分秋色，並在最後以自己的生命為代價跟里香締結契約，成功擊退夏油。 乙骨打算交出自己生命時，驚訝地發現里香的詛咒已經解除。原來乙骨是日本三大怨靈之一菅原道真的後代，里香的詛咒是乙骨在拒絕她死亡時，無意識下的產物。在乙骨和里香兩人都同意後，詛咒就會自然解除。乙骨跟終於得以成佛的里香告別，然後繼續他在咒術高專的生活。

場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

劇場版描述電視動畫本篇半年後，在遠東島國日之本，與卡巴內的威脅對抗，並在穿越前線、被厚重裝甲覆蓋的蒸汽機車（通稱駿城）之一的甲鐵城上生還的生駒等人，在卡巴內與人的攻防戰地、面向日本海的廢棄驛「海門」，與玄路、虎落、海門的人民組成「聯合軍」，謀劃著擊退卡巴內的策略。此時，生駒發現海門一帶的卡巴內擁有受到統領、集團行動的特徵。生駒將此事報告給聯合軍，但卻不被理會，反而因為自己是卡巴內里的緣故而遭到聯合軍的虐待。因憤怒而失去冷靜的生駒決定獨自深入敵境。另一方面，無名開始對一直以來支持著自己的生駒產生了與之前有所不同的感情。但就在此時，她得知了生駒打算獨自深入敵境的消息。與新的卡巴內的戰鬥，以及無名和生駒的命運將會！？ 劇場版: BTSync

劇場版 デジモンアドベンチャーtri 第3章「告白」

跨越過無數次數碼世界和人類世界的危機迎來的日常生活之中，人類和數碼獸的共存之道初見端倪。在這種情況下，世界再次掀起異變之前，成為大學生的太一等人集合起來。自1999年夏天開始的他們的漫長冒險，將迎來終結之時。這是“被選中的孩子們”即將成為大人之前，八神太一和亞古獸他們最後的冒險物語。

一名紅髮少女偷走魔法王國「夜間飛行」的種子而被追殺著，最終她力量耗盡而落到地面，夜間飛行的種子因此而散落。時光流逝，一名十一歲的女孩瑪麗因搬家緣故，來到她叔母夏洛特的房館開始新生活，並且在新環境認識了一名叫彼得的少年。某天夜晚瑪麗在追逐彼得所飼養的貓咪過程當中，來到了一處森林裡。在森林中瑪麗看到了每隔七年時間才盛開一次的夜間飛行花朵，好奇之下瑪麗便摘了一朵帶回自己的房間裡。之後瑪麗把夜間飛行的不可思議力量用在掃帚上，她便藉著魔力掃帚飛行到藏在天空雲海內的魔法大學，就此展開了一段不可思議經歷。