全日本最會寫筆記的小學生「青山君」，有著不輸給任何大人，既聰明又優秀的頭腦。某天，親眼目睹一大群阿德利企鵝突然出現在牙科醫院前面，一隻又一隻地搖頭晃腦地排隊踱步，形成不可能在南極以外出現的「企鵝公路」，在小鎮上引起了大騷動！而這群企鵝似乎是被丟到半空中的可樂罐變成的，這是誰做的呢？為了解開這個謎，「青山君」展開一連串「企鵝公路」的研究計畫…

故事的主舞台設在天才魔法師 惠惠 的故鄉－－紅魔之里。和真一行人將陪同惠惠回鄉，並面對意想不到的敵人，以及因為進入桃花期而囂張的和真。

劇場版描述電視動畫本篇半年後，在遠東島國日之本，與卡巴內的威脅對抗，並在穿越前線、被厚重裝甲覆蓋的蒸汽機車（通稱駿城）之一的甲鐵城上生還的生駒等人，在卡巴內與人的攻防戰地、面向日本海的廢棄驛「海門」，與玄路、虎落、海門的人民組成「聯合軍」，謀劃著擊退卡巴內的策略。此時，生駒發現海門一帶的卡巴內擁有受到統領、集團行動的特徵。生駒將此事報告給聯合軍，但卻不被理會，反而因為自己是卡巴內里的緣故而遭到聯合軍的虐待。因憤怒而失去冷靜的生駒決定獨自深入敵境。另一方面，無名開始對一直以來支持著自己的生駒產生了與之前有所不同的感情。但就在此時，她得知了生駒打算獨自深入敵境的消息。與新的卡巴內的戰鬥，以及無名和生駒的命運將會！？ 劇場版: BTSync

故事以一名被孤兒院趕出的少年中島敦為主角，因恰好救出武裝偵探社社員太宰治、解決「食人虎事件」後被推薦入社。隨後陸續有黑手黨成員登場試圖綁架中島，原來敦在黑道中因不知名原因被懸賞七十億。故事中的人物皆有特殊異能力，而人物名與能力名皆與世界上的知名文豪有關。

缺乏自信的高中女生永阪霞，某一天在不可思議的聲音引導被召喚到了異世界巴貝爾大陸。那是個被傳說的存在·暗黑龍戴斯特魯克封印了煉金術和魔法，“暗之魔人”橫行的世界。小霞和召喚她至此的魔法使莉茲，還有槍手艾德加相遇。莉茲本打算是召喚能封印“暗黑的幻影兵的”人，不過小霞並沒有那樣的力量。莉茲和艾德加因指望落空而感到沮喪，但也不能放著小霞不管，於是帶著她一起前往抵抗軍的村莊。在那兒，小霞發燒倒下了。小霞身在巴貝爾大陸卻毫無力量…

舞台架構在一個被斷崖絕壁所包圍的孤島。納茲等人為了取回名為「龍之淚」、這把寄宿著過去被人類殺死而充滿憤怒的龍魂的杖，守護世界和平而展開一場又一場的激烈戰鬥。