故事劇情為電視動畫的前傳，3rei系列中衛宮士郎和美遊兩兄妹的故事，「平行世界」中衛宮士郎與朔月美遊初次相遇，美遊的成長經歷和真實身份揭曉，面對朱利安對美遊的「聖杯」覬覦而將其虜走，士郎不敵下瀕死重傷，被神父綺禮所救後獲知朱利安的目的。在間桐櫻付出生命下，士郎利用階級卡化身英靈的贗品，再度闖進恩茲華斯家展開激戰，誓要奪回美遊。最終向聖杯許願讓美遊獲得幸福，從而讓美遊穿越到伊莉雅所在的世界，並與伊莉雅成為朋友，也就是《魔法少女☆伊莉雅》故事的開端。

草帽海賊團收到「海賊萬博會」主辦人布埃納·費斯塔的請柬前往該世界頂尖的祭典。萬博會上的主打是尋找「海賊王」哥爾·羅傑所遺留的寶藏。然而，在萬博會的背後，外號「最惡戰爭發動者」的布埃納·費斯塔的凶行，與想把海賊一網打盡的海軍也展開行動，左右時代霸權的財寶爭奪戰拉開序幕。 突然，原羅傑海賊團船員，外號「鬼之繼承者」的道格拉斯·巴雷特闖入並擋在一眾海賊面前。海賊、海軍、王下七武海、革命軍以及CP-0等眾多角色也將亂入發展成混亂的戰鬥。 劇場版: BTSync

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？

場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

舞台架構在一個被斷崖絕壁所包圍的孤島。納茲等人為了取回名為「龍之淚」、這把寄宿著過去被人類殺死而充滿憤怒的龍魂的杖，守護世界和平而展開一場又一場的激烈戰鬥。

故事描述居住在該星球上面的科學家女兒琦莉耶，為了拯救病危的父親以及星球再生的契機，逐奔向遙遠的異世界——地球，去尋求「永遠結晶」的存在，雖然姊姊阿米蒂埃曾試圖阻止她，但琦莉耶仍與好友伊莉絲堅持前往，進而與奈葉等人相遇，這份相遇、將關連到兩個世界以及星球的命運之戰緊緊聯繫再一起……？究竟與琦莉耶有著怎樣的因緣？埃爾特里亞星球與地球未來的命運又將如何？ 劇場版: BTSync