故事描述，景部高中某日轉入一位神秘的美少女「詩音（シオン）」。她在轉學第一天對著被班上孤立的悟美表示：「我會為妳帶來幸福！」，便開始了有如音樂劇一般的歌唱。以此作為契機，一則治癒人心的故事就此展開。

故事發生在每千年回歸一次的彗星造訪過一個月之後，日本某個深山的鄉下小鎮。女高中生三葉每天都過著憂鬱的生活，而她煩惱的不光有擔任鎮長的父親所舉行的選舉運動，還有家傳神社的古老習俗。在這個小小的城鎮，周圍都只是些愛瞎操心的老人。為此三葉對於大都市充滿了憧憬。某一天，她做了一個變成男孩子的夢。在夢中三葉有著陌生的房間、陌生的朋友，而眼前出現的則是東京的街道。三葉雖然感到困惑，但是能夠來到朝思暮想的都市生活，讓她覺得神清氣爽。另一方面，在東京生活的男高中生瀧也做了個奇怪的夢。他在一個從未去過的深山小鎮中，變成了女高中生。「尋找從未見過的你」，兩個陌生人就這樣開始了尋找彼此的歷程。

故事發生在八月一日的茂下町，當時全町正舉辦煙火大會，主角島田典道和夥伴們就煙花的一些事情起爭論，但吵了一陣子後還是沒有結果，於是他們決定到燈塔觀賞煙花，以解決彼此的困惑。同時，典道班上的班花及川奈砂亦因母親再婚一事感到苦惱。後來她突發奇想，提議與典道一行人比賽游泳，再與勝者私奔。由此刻開始，典道為著追求某些結果而不斷努力，直至他最後看到的那幕煙花……

圖書館沒有兔女郎棲息。梓川咲太顛覆這個常識，遇見了野生的兔女郎。而且她不是普通的兔女郎，是咲太就讀高中的高年級生，目前停止演藝活動的當紅藝人櫻島麻衣學姊。幾天前，她身邊的人們開始看不見她，她似乎正在圖書館驗證這個現象。這難道和網路上流傳的神祕現象「思春期症候群」有關？咲太以查明原因為名目接近麻衣試著解謎，事態卻朝著意外的方向演變 ——？在天空與大海圍繞的這座城鎮，我與她的戀愛故事開始了。

路人女主的養成方法 Fine 某個春天的日子，安藝倫也決定做一部以在櫻花飛舞的坡道上命中註定般相遇的少女——加藤惠為女主角的同人遊戲。邀請了加入了美術部、作為同人插畫家活動的澤村·斯潘塞·英梨梨，以及學年第一的優等生、作為輕小說作家活躍的霞之丘詩羽，成立了blessing software。終於發表了第一部作品。 英梨梨和詩羽為了開發遊戲大作《Fields Chronicle》，來到了人氣創作者紅坂朱音的身邊。 blessing software的代表倫也繼續進行社團活動，與副代表惠一起開始了新作的開發。啟用學妹波島出海為插畫師，委託出海的哥哥——伊織為製作人，和冰堂美智留以及她的樂隊——icy tail一起進行新作的開發…… 英梨梨和詩羽的大作究竟如何？倫也和惠的關係有什麼異變？ blessing software究竟將去向何方？圍繞路人女主的青春塗鴉，迎來大結局。

在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾，與沈默寡言的綾波麗不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子裡，彼此鬧出不少的笑話，他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生，不久後，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗。