皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

地球遭到哥斯拉的毀滅，主角的父母被殺害，他作為被選中的一員，逃離到了外星球。但新行星並沒有適合人類的生存環境，於是被選中的人類只能折返。然而回到地球後，這裡已經是兩萬年之後的世界了。人類與哥斯拉陷入了一場你死我亡的激烈決戰……

光和2年。世界以重組的超合集國為中心，謳歌著和平的每一天。但是，和平突然要宣告結束。以面具男ZERO的身份，與娜娜莉同行去難民營慰問的朱雀敗給了謎之Knightmare Frame。然後，二人被擄走了。收到修奈傑爾的密令，潛入“戰士之國”吉爾克斯坦王國的卡蓮、洛伊德、咲世子遭到了謎之GEASS使用者的襲擊。 而且，被襲擊者稱為“元向主大人”的C.C.也在那裡。以曾經擊敗過神聖布裡塔尼亞帝國大軍的無敵王國為舞台，人們所描繪出來的願望，是希望還是絕望？而最終知道了GEASS之情的吉爾克斯坦王宮眾人，以及C.C.的想法究竟是什麼——

延續動畫的劇情，解釋深海棲艦和吹雪的身世。