故事將講述遊歷各地的圓桌騎士・貝德維爾將到達他旅程的盡頭，公元 1273 年的耶路薩冷。原本祈禱之地變成了一大片沙漠，居民被迫離開家園，而此處也被奉命保護獅子王和聖督的「圓桌騎士」、領地被召喚與此的「太陽神・奧茲曼迪亞斯」，以及土地被奪走伺機反抗的「山之民」三大勢力所佔據。為了修復人理，來自迦勒底的瑪修、達文西以及人類最後的 Master・藤丸將與貝德維爾共同展開最後的探索之旅。 全 2 部: BTSync

武藤遊戲與身體內的另一靈魂法老王「亞圖姆」（闇遊戲）正式道別後，重新回歸平凡的學校生活。但將亞圖姆視為勁敵的海馬瀨人，在消失的地方發掘「千年積木」並打算將其重新完成，試圖再度復活亞圖姆並與他決鬥。海馬集團的挖掘團隊挖出千年積木後，工作遭迪瓦中斷，他與海馬決鬥並取走了積木的兩塊碎片，並將一塊碎片交給他的妹妹塞拉保管，但塞拉將碎片交給武藤遊戲。 迪瓦以假名藍神與遊戲等人建立友誼，並注意到遊戲的朋友貘良，他認為貘良殺死了自己的導師夏迪，便使用他的能力將貘良送到另一個次元。貘良對此道歉並解釋自己當時的行為是受到千年智慧輪內的邪神影響而導致。 海馬瀨人使用電腦重組千年積木後，發現遺失了兩個碎片，便挾持藍神並告知遊戲、強迫他們參加自己設計的新型決鬥盤的展示會。在展示會上，海馬打算透過決鬥擊倒藍神和遊戲以取得他們手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，遊戲便要海馬讓自己先與藍神決鬥。 遊戲擊倒了藍神，讓貘良得以歸來。當遊戲與海馬對決時，遊戲組裝了千年積木並表示亞圖姆的靈魂已不復存在。他們的決鬥被受到千年智慧輪影響的藍神中斷，海馬便和遊戲搭檔挑戰藍神。海馬在決鬥中犧牲自己以保護遊戲，在消失前、他要遊戲一定要讓亞圖姆復活。在決鬥最後、遊戲成功喚出了亞圖姆並打倒藍神，亞圖姆和千年積木在那之後都消失了，而海馬也平安歸來。 故事的最後，遊戲等人順利從童實野高中畢業，其青梅竹馬杏子也在機場與遊戲及其他人道別，正式前往美國紐約留學，實現成為職業舞者的夢想，而海馬用他的科技重現了藍神的能力，讓自己的意識去到冥界與亞圖姆見面。

跨越過無數次數碼世界和人類世界的危機迎來的日常生活之中，人類和數碼獸的共存之道初見端倪。在這種情況下，世界再次掀起異變之前，成為大學生的太一等人集合起來。自1999年夏天開始的他們的漫長冒險，將迎來終結之時。這是“被選中的孩子們”即將成為大人之前，八神太一和亞古獸他們最後的冒險物語。

《來自深淵 深沉靈魂的黎明》是電視動畫片《來自深淵》播出後推出的第一部續篇動畫電影，亦為該系列的第三部動畫電影。該片改編自土筆章人創作的漫畫作品《來自深淵》，電影劇情為全新原創故事。 這個各角落都被探索殆盡的世界，只剩唯一僅存的祕境——大洞穴“阿比斯”。在這個會延伸到哪裡不得而知，且深不見底的巨大縱向洞穴中，除了棲息著各種奇奇怪怪的生物之外，還藏有現今人類製作不出來的珍貴遺物。 “阿比斯”處處不可思議的景象，讓人們為之著迷，並前仆後繼地前去冒險。於是，數度挑戰這巨洞的冒險家們，後來便被稱為“探窟家”。住在建造於阿比斯邊緣的城鎮“奧斯”的孤兒莉可，夢想著有一天要成為像母親那樣的偉大探窟家，力圖解開阿比斯的謎團。 有一天，莉可母親的白笛被人發現，讓她毅然決定要潛入阿比斯深處。而莉可收留的失憶機器人·雷古為了找回自己的記憶，也決心和她同行。莉可在深界四層遭受穿彈獸的毒素折磨，而救了她的人就是“生骸”娜娜奇。娜娜奇加入後，他們繼續往波多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，遇到一個自稱是普魯修卡的女孩。

利姆路・坦派斯特為拯救夥伴而進化成為了魔王。在位於他與夥伴們共同建立的魔物之國「魔國聯邦(坦派斯特)」西方的「拉賈小亞國」，有著持有不可思議力量的女王，長久以來圍繞著這個國家的陰謀將掀起漣漪。然而，「食人魔的倖存者」緋色突然出現在利姆路等人面前。利姆路的同伴紅丸等人與這個對他們來說有如大哥般的存在重逢。這段過去一度斷絕的「紅蓮之絆」，如今將成為引發新戰鬥的導火線…！？

故事描述居住在該星球上面的科學家女兒琦莉耶，為了拯救病危的父親以及星球再生的契機，逐奔向遙遠的異世界——地球，去尋求「永遠結晶」的存在，雖然姊姊阿米蒂埃曾試圖阻止她，但琦莉耶仍與好友伊莉絲堅持前往，進而與奈葉等人相遇，這份相遇、將關連到兩個世界以及星球的命運之戰緊緊聯繫再一起……？究竟與琦莉耶有著怎樣的因緣？埃爾特里亞星球與地球未來的命運又將如何？ 劇場版: BTSync