全日本最會寫筆記的小學生「青山君」，有著不輸給任何大人，既聰明又優秀的頭腦。某天，親眼目睹一大群阿德利企鵝突然出現在牙科醫院前面，一隻又一隻地搖頭晃腦地排隊踱步，形成不可能在南極以外出現的「企鵝公路」，在小鎮上引起了大騷動！而這群企鵝似乎是被丟到半空中的可樂罐變成的，這是誰做的呢？為了解開這個謎，「青山君」展開一連串「企鵝公路」的研究計畫…

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

故事以一名被孤兒院趕出的少年中島敦為主角，因恰好救出武裝偵探社社員太宰治、解決「食人虎事件」後被推薦入社。隨後陸續有黑手黨成員登場試圖綁架中島，原來敦在黑道中因不知名原因被懸賞七十億。故事中的人物皆有特殊異能力，而人物名與能力名皆與世界上的知名文豪有關。

在日本，擁有女子高中生和殺手雙重面貌的美少女砂羽，生存在黑暗世界下，砂羽唯一能託付心靈是同樣生存在這世界的謎樣少年音不利。這兩人從一次任務認識後，互相吸引直到音不利背叛組織，砂羽追殺他才驚覺萌生出愛情。即使如此暗殺組織的戒律優先執行。最終，砂羽了結這一切後，究竟又到了何處？

故事講述在暑假前一天，一個非常炎熱的日子，東京下町區某中學一年級二班的所有男生突然全體失蹤。是出了事故？還是集團拐騙？都不是。 事實上，是他們在河邊的廢棄工廠裡建立了一個所謂的「解放區」，發起了針對大人們的「叛亂」……英治、相原、安永、日比野、天野司、中山瞳、久美子……這些初中一年級的學生，為什麼要這麼做？學校、家長甚至警察又會採取什麼措施？結果又會如何呢？這個曲折有趣的故事，反映了學生學業過重、學校對學生任意進行體罰等種種社會問題。

命運之夜——天之杯：惡兆之花 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。