故事以被稱為「小新秀」的主角貝爾，以及「赫斯緹雅眷族」的主神赫斯緹雅為中心。高掛在天空的月亮照亮著沉浸傳承自神時代慶典「神月祭」的氣氛中的迷宮都市，靜靜著等待著英雄的誕生，以及全新的冒險過程。

故事劇情為電視動畫的前傳，3rei系列中衛宮士郎和美遊兩兄妹的故事，「平行世界」中衛宮士郎與朔月美遊初次相遇，美遊的成長經歷和真實身份揭曉，面對朱利安對美遊的「聖杯」覬覦而將其虜走，士郎不敵下瀕死重傷，被神父綺禮所救後獲知朱利安的目的。在間桐櫻付出生命下，士郎利用階級卡化身英靈的贗品，再度闖進恩茲華斯家展開激戰，誓要奪回美遊。最終向聖杯許願讓美遊獲得幸福，從而讓美遊穿越到伊莉雅所在的世界，並與伊莉雅成為朋友，也就是《魔法少女☆伊莉雅》故事的開端。

場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

全日本最會寫筆記的小學生「青山君」，有著不輸給任何大人，既聰明又優秀的頭腦。某天，親眼目睹一大群阿德利企鵝突然出現在牙科醫院前面，一隻又一隻地搖頭晃腦地排隊踱步，形成不可能在南極以外出現的「企鵝公路」，在小鎮上引起了大騷動！而這群企鵝似乎是被丟到半空中的可樂罐變成的，這是誰做的呢？為了解開這個謎，「青山君」展開一連串「企鵝公路」的研究計畫…

劇場版描述電視動畫本篇半年後，在遠東島國日之本，與卡巴內的威脅對抗，並在穿越前線、被厚重裝甲覆蓋的蒸汽機車（通稱駿城）之一的甲鐵城上生還的生駒等人，在卡巴內與人的攻防戰地、面向日本海的廢棄驛「海門」，與玄路、虎落、海門的人民組成「聯合軍」，謀劃著擊退卡巴內的策略。此時，生駒發現海門一帶的卡巴內擁有受到統領、集團行動的特徵。生駒將此事報告給聯合軍，但卻不被理會，反而因為自己是卡巴內里的緣故而遭到聯合軍的虐待。因憤怒而失去冷靜的生駒決定獨自深入敵境。另一方面，無名開始對一直以來支持著自己的生駒產生了與之前有所不同的感情。但就在此時，她得知了生駒打算獨自深入敵境的消息。與新的卡巴內的戰鬥，以及無名和生駒的命運將會！？ 劇場版: BTSync

將自主角小智與皮卡丘最初的相遇開始描繪，現在看起來是最棒搭檔的兩位，實際上最初的相遇真的是糟透了！完全不聽小智說話的皮卡丘、還有想要和皮卡丘交朋友但卻相當笨拙的小智，這樣的兩人究竟是如何成為夥伴的呢？透過閃耀著彩虹光輝的羽毛指引，兩人將開始踏上冒險的旅途！