皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

劇場版舞台將設定為 2116 年，日本政府開始向紛爭國輸出西碧拉和雄蜂（ドローン），實驗性導入西碧拉的東南亞聯盟 SEAUn 其管轄的水上都市獲得了安穩生活，但 SEAUn 卻向日本派出恐怖分子企圖攻擊西碧拉系統，而某個男人在那留下了蹤跡，常守朱因此踏上旅途以查明真相。

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

于萬聖季熱鬧非凡的東京澀谷。 在澀谷Hikarie舉行了一場婚禮。出現在那裏的，是身着婚紗一副新娘模樣的警視廳佐藤刑警。在柯南等衆多來賓的注視下，突然闖入的歹徒向她襲擊而來，試圖保護她的高木刑警受傷了。高木保住一命，事态得以平息，但在佐藤的眼中，3年前的連續爆炸案中，在曾愛慕的松田刑警殉職的時候她所看到的死神形象，卻與高木的身影重疊。 同時，那起連續爆炸案的犯人越獄了。這究竟是否爲偶然？公安警察降谷零（安室透）去追查葬送了同期的松田刑警性命的宿命之敵，卻被出現在那裏的神秘化裝人物戴上了項圈炸彈。 爲了拆除項圈炸彈而來到安室潛伏的地下掩體的柯南，聽說了安室現在已故的警察學校時期同期成員們在3年前和真身不明的化裝爆炸犯“普拉米亞”在澀谷遭遇的案件。不久，出現了以推進調查的柯南等人爲目标的可疑身影。 被點燃的命運的全向十字路口。現在，慶典中的萬聖夜演變爲狂亂的夜行！

位於東京八丈島近海的「太平洋浮標」是一處用於將全世界警察監控探頭連接起來的海洋設施。為了正式啟動，與歐洲的警察組織歐洲刑警組織所管轄的網路連接，世界各國的工程師集結於此，對某種「新技術」進行了測試。另一方面，柯南及少年偵探團受園子的邀請來到八丈島賞鯨。此時柯南接到沖矢昴（赤井秀一）打來的電話，得知有一位歐洲刑警機構職員在德國遭到琴酒殺害，感到不安的柯南於是決定潛入設施裡進行調查。然而在調查過程中，卻發生一名女性工程師被黑衣組織綁架的事件！而且她擁有，記錄著某個訊息的USB傳到了組織的手裡。以及，灰原哀身邊也有黑影悄悄靠近她，使生命卻陷入險境。柯南能否順利救出灰原？灰原的真實身分是否會被發現？新的黑影PINGA又是誰呢？

叛逆的魯魯修 I 興道 2010年，超級大國“布里塔尼亞帝國”（Britannia）為了奪取日本的地下資源而侵略日本，在布里塔尼亞帝國強大的兵器Knightmare進攻下，日本在不到一個月的時間內被征服。日本被剝奪了自由、權利甚至是國家的名字，布里塔尼亞帝國將“日本”改稱為“11區”，“日本人”這名詞則被11這數字所取代。表面上看來布里塔尼亞帝國的統治似乎牢不可破，但其中早已出現了裂痕。七年後的2017年，在生死邊緣獲得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亞帝國的黑色皇子魯路修，以及獲得第七世代人型機甲蘭斯洛特，立志從帝國內部進行改革的白色騎士樞木朱雀，影響了整個世界。