叛逆的魯魯修 I 興道 2010年，超級大國“布里塔尼亞帝國”（Britannia）為了奪取日本的地下資源而侵略日本，在布里塔尼亞帝國強大的兵器Knightmare進攻下，日本在不到一個月的時間內被征服。日本被剝奪了自由、權利甚至是國家的名字，布里塔尼亞帝國將“日本”改稱為“11區”，“日本人”這名詞則被11這數字所取代。表面上看來布里塔尼亞帝國的統治似乎牢不可破，但其中早已出現了裂痕。七年後的2017年，在生死邊緣獲得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亞帝國的黑色皇子魯路修，以及獲得第七世代人型機甲蘭斯洛特，立志從帝國內部進行改革的白色騎士樞木朱雀，影響了整個世界。

叛逆的魯魯修 III 皇道 2010年，超級大國“布里塔尼亞帝國”（Britannia）為了奪取日本的地下資源而侵略日本，在布里塔尼亞帝國強大的兵器Knightmare進攻下，日本在不到一個月的時間內被征服。日本被剝奪了自由、權利甚至是國家的名字，布里塔尼亞帝國將“日本”改稱為“11區”，“日本人”這名詞則被11這數字所取代。表面上看來布里塔尼亞帝國的統治似乎牢不可破，但其中早已出現了裂痕。七年後的2017年，在生死邊緣獲得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亞帝國的黑色皇子魯路修，以及獲得第七世代人型機甲蘭斯洛特，立志從帝國內部進行改革的白色騎士樞木朱雀，影響了整個世界。

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

斧江財閥現任當主斧江拓三收到怪盜基德的預告信。信中宣稱將在北海道函館市的財閥倉庫中竊取與土方歲三有關的兩把短刀。柯南等人對此產生了疑問，專偷大寶石的基德這次為何鎖定刀具。同時，在函館舉辦的劍道比賽中，服部平次和沖田總司參加比賽，而江戶川柯南一行則來函館為平次加油。在比賽場館，柯南、和葉及沖田結識了在現場表演居合術的大學生福城聖，平次則在比賽之餘尋找著能成功向和葉告白的絕佳景點。另一方面，和葉的情敵、暗戀平次的大岡紅葉也搭直升機前往北海道尋找平次。她從管家伊織無我處得知北海道有著多處「告白絕佳景點」，立即意識到平次計劃向和葉告白，便打算阻撓他。 犯罪預告的當天，平次成功識破了基德的偽裝，追至屋頂。儘管平次以熟練的劍術逼得基德節節敗退，並斬落其禮帽，但當他見基德的面容與工藤新一的面貌如出一轍時，感到驚訝不已。趁著這個瞬間，基德抓起一把刀逃走。平次則將奪回的另一把刀交給了警方。不久後，在函館的倉庫區發現了一名胸口被劃上十字刀痕的男子的屍體。受害者身分為斧江財閥的法律顧問久垣澄人，他剛從杜拜回國就遭到了謀殺，其攜帶的高爾夫球包中的物品也被搜刮一空。柯南和平次懷疑這起謀殺案與基德盜取刀具有關，推測高爾夫球包內的物品可能就是日本刀。此外，來自北海道警察西村警部手下的川添善久刑警透露，被盜的刀可能是斧江家創始人斧江圭三郎在函館藏匿的寶藏的線索。 圭三郎曾深度參與戰時軍需工業，因此人們據傳寶藏可能是能夠改變戰局的重要武器。隨後，警方調查發現一名叫布萊恩·D·門倉的男子成為了嫌疑犯。其表面上是一名慈善家，但實際上是一名在亞洲地區活動的軍火商人，他也覬覦著斧江家的寶藏，且門倉擁有久垣所持有的斧江家寶藏的線索之一，也就是基德從他處盜取的兩把刀。隨後，基德向門倉發出了預告信，隨後按照信中所述盜取了門倉的刀。但意外的是，他在逃亡時被一位帶著黑色狐狸面具的神秘劍士襲擊。儘管這位神秘劍士以卓越的劍術將他逼入絕境，但就在千鈞一髮之際，柯南和平次趕到相助。平次與神秘劍士交戰，而柯南則以足球協助，最終成功擊退了對手。 平次從基德衣服上的十字刀痕推測出神秘劍士就是殺死久垣的兇手。同時，柯南也透過追蹤在門倉刀上植入的訊號，得知了神秘劍士的身份。隨後，基德為了感謝他們，說明了盜取刀具的原因。他之所以盜取刀具，是想確認一名男子曾試圖偷取但最終放棄的寶藏到底是什麼，而這寶藏正是門倉和斧江拓三都在追逐的斧江家寶藏。基德說，發現了一張斧江圭三郎親筆寫下的只有刀鍛冶「東窪榮龍」名字的字條，意味著東窪榮龍所打造的刀將成為尋找寶藏的線索。這六把刀中，兩把位於斧江財閥倉庫中；另外兩把為久垣澄人從杜拜帶回；最後兩把則被福城良衛收藏。

于萬聖季熱鬧非凡的東京澀谷。 在澀谷Hikarie舉行了一場婚禮。出現在那裏的，是身着婚紗一副新娘模樣的警視廳佐藤刑警。在柯南等衆多來賓的注視下，突然闖入的歹徒向她襲擊而來，試圖保護她的高木刑警受傷了。高木保住一命，事态得以平息，但在佐藤的眼中，3年前的連續爆炸案中，在曾愛慕的松田刑警殉職的時候她所看到的死神形象，卻與高木的身影重疊。 同時，那起連續爆炸案的犯人越獄了。這究竟是否爲偶然？公安警察降谷零（安室透）去追查葬送了同期的松田刑警性命的宿命之敵，卻被出現在那裏的神秘化裝人物戴上了項圈炸彈。 爲了拆除項圈炸彈而來到安室潛伏的地下掩體的柯南，聽說了安室現在已故的警察學校時期同期成員們在3年前和真身不明的化裝爆炸犯“普拉米亞”在澀谷遭遇的案件。不久，出現了以推進調查的柯南等人爲目标的可疑身影。 被點燃的命運的全向十字路口。現在，慶典中的萬聖夜演變爲狂亂的夜行！

公主准则 Crown Handler 19世紀末倫敦。共和國的間諜集團的白鳩小隊被賦予新的任務。那項任務就是要將某舊書店店長給引渡到共和國。安潔與多蘿西和千世等三人攜手順利將被監禁在王國拘留所的舊書店店長給救了出來。另一方面，王國以女王暗殺未遂事件為契機，“狩獵間諜”也越來越激烈，Control 這邊也飄散著緊張氛圍。 Control 推測派往王國的間諜很有可能是“雙重間諜”。為了查明真相，命令白鳩小隊前去接觸被送進王國內、代號“主教”的間諜。究竟，全新任務會有怎樣的發展。然後，“主教”到底為何人―――