影片為《哥斯拉 怪獸行星》續作。人類要從哥斯拉手中奪回地球的戰鬥仍在繼續。而打敗哥斯拉的關鍵卻是某神秘機械武器，而該武器早在兩萬年前就已經丟失。

《屠殺器官》的舞台將設定在賽拉耶佛核爆後的地球，此時部分落後國家爆發了一連串內戰及民族衝突，在這血腥風暴之中，美國特殊情報部隊「克拉維斯（クラヴィス）」發現了在陰影之下有一名叫「約翰·保羅（ジョン・ポール）」的美國人參與其中，約翰路過之處必定掀起腥風血雨，這讓眾人瘋狂的「屠殺器官」到底是什麼？

皇曆2017年，超級大國「不列顛尼亞帝國」（Britannia）朝著稱霸世界的目標，征服了世界近3分之1的版圖。此時，7年前被改稱「11區」的日本出現了動亂，牽動了世界對抗不列顛帝國的鬥心。 帝國早前與統領部分歐洲和非洲勢力的E.U.達成停戰協議。由於動亂出現，和平關係都隨之破裂，不過在強硬的軍事侵略下，E.U.並沒有在戰事中得到優勢。一群「11區」的少年少女決定加入這場地獄戰線，駕駛Knightmare參與這個目標及原因未明、戰勝率只有5%的大戰……

宇宙世紀0079 年，地球聯邦和吉翁公國之間一年戰爭的末期，SIDE4的太空殖民衛星摩爾在吉翁軍的攻擊下破壞殆盡，大多數人在攻擊中失去了生命。被破壞的殖民衛星、被擊沉的戰艦的無數殘骸在暗礁宙域漂散著，不知不覺中殘骸在不斷地碰撞中開始產生放電現象，“雷霆宙域”的名字也因此而來。

地球遭到哥斯拉的毀滅，主角的父母被殺害，他作為被選中的一員，逃離到了外星球。但新行星並沒有適合人類的生存環境，於是被選中的人類只能折返。然而回到地球後，這裡已經是兩萬年之後的世界了。人類與哥斯拉陷入了一場你死我亡的激烈決戰……

叛逆的魯魯修 III 皇道 2010年，超級大國“布里塔尼亞帝國”（Britannia）為了奪取日本的地下資源而侵略日本，在布里塔尼亞帝國強大的兵器Knightmare進攻下，日本在不到一個月的時間內被征服。日本被剝奪了自由、權利甚至是國家的名字，布里塔尼亞帝國將“日本”改稱為“11區”，“日本人”這名詞則被11這數字所取代。表面上看來布里塔尼亞帝國的統治似乎牢不可破，但其中早已出現了裂痕。七年後的2017年，在生死邊緣獲得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亞帝國的黑色皇子魯路修，以及獲得第七世代人型機甲蘭斯洛特，立志從帝國內部進行改革的白色騎士樞木朱雀，影響了整個世界。