高中畢業後，因為游泳而互相牽絆的遙等人朝著不同的方向前進。遙在東京，與曾經一同游過接力的椎名旭相遇了。喚醒了中學時代記憶的遙，心中蘇醒的是那時的郁彌的身影。和遙一起前往東京的真琴，開始朝著新的夢想前進。來到悉尼的凜，在新的天地實現了意外的相遇。在各自的未來中等待著他們的是新的戰鬥吧。還是，與殘留的過去的記憶對峙？小學生、初中生、高中生，然後是大學生。遙和朋友們在水中編織出的關於友情和青春的故事在第三季中相互交融！

體內蘊藏有「空中元素固定裝置」（空中存在的元素自由結合或使物體物質分解的一個系統裝置）的美少女姿態仿生人，在人間持有超常的運動能力與特異力量。她所配備的裝置可以使她隨心所欲的變裝，戰鬥的衣裝能使她的威力發揮到頂點。

在26年前，MISAKI是從初中一年級開始就很有人氣的學生。他的相貌、成績和性格都相當不錯，深受同學和老師的喜愛。然而，在剛剛升上初中三年三班不久，MISAKI就因事故喪生。大家深受打擊，但突然有人指著MISAKI的座位說：「MISAKI就在那裡，MISAKI並沒有死」。從此以後，三年三班就一直裝作MISAKI仍然活著直到畢業；在畢業典禮上他們還特意為MISAKI準備座位。接著畢業照上竟然拍下了不該存在的MISAKI，謎團從此展開。

魔卡少女樱 透明牌篇 櫻集齊了會給世間帶來災難的庫洛牌，並用魔法的力量將它們變成了自己的牌。櫻花盛開的四月，小櫻升入了初中一年級。而後，小櫻與曾返回香港的小狼重逢，並一起開心地去往學校。某個夜裡，收集的牌出現了異常，而友枝町接連發生奇怪的事。小櫻在夢中遇見的鑰匙的指引下，再次開始收集卡片。這時，班裡轉來一個女孩子……

故事講述掌管天下命運的神器「太一輪」被刻上「太白尅太辰」，令太白帝國迅速崛起，統治整個神州大地，並大量生產「機關獸」侵略鄰近地區，意圖吞併整個世界（相當於遊戲作品中「太一輪」被刻下「秦尅晉」所產生的「七曜使者」時空）。 故事時間設定為「太白曆」99年，當時太白帝國全國各地均持續出現反抗軍與帝國軍戰鬥，在帝國軍的「機關獸」面前，一名反抗軍少女手持「軒轅劍」挺身而出，但與此同時，該名少女的一名青梅竹馬少年卻淪為帝國的奴隸。

能夠窺視別人的內心、看透牆壁、以念力移動物品、瞬間移動，一出生就擁有一切的超能力！他就是沉默寡言的超能力者，齊木楠雄。在一個平凡的日本家庭，父母都很普通，齊木楠雄的出生卻不平凡。齊木楠雄天生下來就是個超能力者，長大後逐漸明白自己與別人不同，雖然擁有足以毀滅世界的力量，但齊木楠雄每天只是想辦法讓自己默默地隱藏在人群之中。不想引人注目因此極力做個平凡人，直到國中都順利當個不起眼的學生。