作為平成年代最後一部柯南電影，首次將案件發生地設立在海外，基德時隔四年後再度回歸，與柯南合體展開行動。故事圍繞著19世紀末與海盜船一同沉入海底、世界上最大的藍寶石紺青之拳展開。

第 01 話 罪與罰

位於東京八丈島近海的「太平洋浮標」是一處用於將全世界警察監控探頭連接起來的海洋設施。為了正式啟動，與歐洲的警察組織歐洲刑警組織所管轄的網路連接，世界各國的工程師集結於此，對某種「新技術」進行了測試。另一方面，柯南及少年偵探團受園子的邀請來到八丈島賞鯨。此時柯南接到沖矢昴（赤井秀一）打來的電話，得知有一位歐洲刑警機構職員在德國遭到琴酒殺害，感到不安的柯南於是決定潛入設施裡進行調查。然而在調查過程中，卻發生一名女性工程師被黑衣組織綁架的事件！而且她擁有，記錄著某個訊息的USB傳到了組織的手裡。以及，灰原哀身邊也有黑影悄悄靠近她，使生命卻陷入險境。柯南能否順利救出灰原？灰原的真實身分是否會被發現？新的黑影PINGA又是誰呢？

叛逆的魯魯修 III 皇道 2010年，超級大國“布里塔尼亞帝國”（Britannia）為了奪取日本的地下資源而侵略日本，在布里塔尼亞帝國強大的兵器Knightmare進攻下，日本在不到一個月的時間內被征服。日本被剝奪了自由、權利甚至是國家的名字，布里塔尼亞帝國將“日本”改稱為“11區”，“日本人”這名詞則被11這數字所取代。表面上看來布里塔尼亞帝國的統治似乎牢不可破，但其中早已出現了裂痕。七年後的2017年，在生死邊緣獲得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亞帝國的黑色皇子魯路修，以及獲得第七世代人型機甲蘭斯洛特，立志從帝國內部進行改革的白色騎士樞木朱雀，影響了整個世界。

第 02 話 First Guardian

叛逆的魯魯修 I 興道 2010年，超級大國“布里塔尼亞帝國”（Britannia）為了奪取日本的地下資源而侵略日本，在布里塔尼亞帝國強大的兵器Knightmare進攻下，日本在不到一個月的時間內被征服。日本被剝奪了自由、權利甚至是國家的名字，布里塔尼亞帝國將“日本”改稱為“11區”，“日本人”這名詞則被11這數字所取代。表面上看來布里塔尼亞帝國的統治似乎牢不可破，但其中早已出現了裂痕。七年後的2017年，在生死邊緣獲得“Geass”的力量，立志要粉碎布里塔尼亞帝國的黑色皇子魯路修，以及獲得第七世代人型機甲蘭斯洛特，立志從帝國內部進行改革的白色騎士樞木朱雀，影響了整個世界。