刀使巫女 將自古以來威脅人世的異形存在荒魂，以御刀祓除的神薙之巫女。以制服佩刀為主要裝束的她們，被稱作刀使。正式名稱則是隸屬警察組織的特別祭祀機動隊。她們在身為得到佩刀許可的超法規國家公務員的同時，還是在位於全國五處的中高一貫制訓練學校就讀的女學生。這年春天，自全國五校遴選出來的刀使們齊聚一堂，切磋各自技術的常例大賽將要舉辦。以大賽為目標的眾多刀使們為此而勤於修煉，而在她們之中，有一位懷著尤其強烈的心情磨煉個人技術的少女。她所舉起的御刀之刃，面向的前方是……

在這被異世入侵者蹂躪的世界裡，大多數的人類已經滅亡。在這其中，有一群倖存下來的女高中生們過著屬於她們的日常生活。河津百合、高台寺歐石楠、薄墨雛罌粟、霞蓮華、吉野山茶花和咲耶菖蒲相互依偎，生活在這個被神秘機械生物撕裂的環境。但即便如此，她們仍然一起享受著歡樂的生活時光！她們一起做料理，用標誌性武器對抗機械怪物，同時將揭開她們神秘的過去和世界的秘密。

某一天，家裡突然來了一位客人，既不是鳥，也不是人，而是身份不明的神祕生物「庫吉馬（Kujima）」。他會說話、會唱歌、會鳴叫。時而帶來笑聲，時而觸動淚水。僅僅是牠的存在，便在不知不覺間，輕輕改寫了這家人的日常時光。 這是一個由小小的「謎團」所編織而成，既虛幻又溫暖的家庭故事。

故事在遙遠的星球上、充滿歡笑的王國中，12 歲的王女「悠希」，被忠心的家臣們、還有導師雷拉、政治輔佐官伊薩那、騎士團長哈洛爾德、自幼相處的親信約書亞等人環繞著，在王宮中過著開心的生活。而另一方面，17 歲的少女史媞拉則是具有才能的軍人。如此擁有不同立場的兩人，彼此的笑容究竟會在何時才能同時出現呢？

花垣武道看到前女友橘日向及其弟直人捲入「東京卍會（東卍）」鬥爭喪命的新聞，接著他因事故穿越回中二時，他藉機告訴直人未來之事，誰知講完話後雙方握手，武道就回到現代，而原應死亡的直人成為刑警出現。直人拜託武道回2005年，阻止使東卍從暴走族壯大為黑幫的「佐野萬次郎」與「稀咲鐵太」相遇以拯救日向。武道再穿越，認識了東卍總長萬次郎與二把手龍宮寺堅，他發現兩人都非惡人，與後來無惡不作的東卍迥異，遂回現代尋找線索得知龍宮寺當年死於東卍內鬥。

故事描述只有長相帥氣卻毫無幹勁，也不會給粉絲任何福利，只是為了金錢才成為偶像的仁淀ユウヤ，最終因為缺乏熱情面臨了解雇的危機。就在此時，傳說中的神偶像最上アサヒ憑依到他身上。以此為契機，兩人朝著頂級偶像之路的故事正式開幕。