故事描述居住在該星球上面的科學家女兒琦莉耶，為了拯救病危的父親以及星球再生的契機，逐奔向遙遠的異世界——地球，去尋求「永遠結晶」的存在，雖然姊姊阿米蒂埃曾試圖阻止她，但琦莉耶仍與好友伊莉絲堅持前往，進而與奈葉等人相遇，這份相遇、將關連到兩個世界以及星球的命運之戰緊緊聯繫再一起……？究竟與琦莉耶有著怎樣的因緣？埃爾特里亞星球與地球未來的命運又將如何？ 劇場版: BTSync

命運之夜——天之杯：惡兆之花 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。

在人們與風共度的城鎮風羅市，每年都會舉行一次風祭。在祭典的最後一天，傳說中的寶可夢洛奇亞會出現，並帶來恩惠之風。在這樣的古老傳說仍然流傳之際，聚集在城鎮的人們懷抱各自的心緒前去參加祭典。寶可夢的新手女高中生，莉莎。停不下說謊的吹牛男人，卡加奇。對自己沒有自信的軟弱研究家，托利托。厭惡寶可夢的古怪婆婆，翡翠。獨自一人佇立於森林中的神秘少女，拉爾戈。小智、皮卡丘與他們相遇，驅動起大家的故事。

劇場版描述電視動畫本篇半年後，在遠東島國日之本，與卡巴內的威脅對抗，並在穿越前線、被厚重裝甲覆蓋的蒸汽機車（通稱駿城）之一的甲鐵城上生還的生駒等人，在卡巴內與人的攻防戰地、面向日本海的廢棄驛「海門」，與玄路、虎落、海門的人民組成「聯合軍」，謀劃著擊退卡巴內的策略。此時，生駒發現海門一帶的卡巴內擁有受到統領、集團行動的特徵。生駒將此事報告給聯合軍，但卻不被理會，反而因為自己是卡巴內里的緣故而遭到聯合軍的虐待。因憤怒而失去冷靜的生駒決定獨自深入敵境。另一方面，無名開始對一直以來支持著自己的生駒產生了與之前有所不同的感情。但就在此時，她得知了生駒打算獨自深入敵境的消息。與新的卡巴內的戰鬥，以及無名和生駒的命運將會！？ 劇場版: BTSync

故事劇情為電視動畫的前傳，3rei系列中衛宮士郎和美遊兩兄妹的故事，「平行世界」中衛宮士郎與朔月美遊初次相遇，美遊的成長經歷和真實身份揭曉，面對朱利安對美遊的「聖杯」覬覦而將其虜走，士郎不敵下瀕死重傷，被神父綺禮所救後獲知朱利安的目的。在間桐櫻付出生命下，士郎利用階級卡化身英靈的贗品，再度闖進恩茲華斯家展開激戰，誓要奪回美遊。最終向聖杯許願讓美遊獲得幸福，從而讓美遊穿越到伊莉雅所在的世界，並與伊莉雅成為朋友，也就是《魔法少女☆伊莉雅》故事的開端。

命運之夜——天之杯2：失去之蝶 將改編遊戲《Fate/stay night》中的「Heaven’s Feel（天之杯）」間桐櫻路線。「Heaven’s Feel（天之杯）」有着和前兩條線截然不同的黑暗基調，以衛宮士郎在弓道部與學妹間桐櫻作為感情主線，講述間桐櫻和衛宮士郎之間的故事，並將整個聖杯戰爭的真實全貌給展露出來。