將自主角小智與皮卡丘最初的相遇開始描繪，現在看起來是最棒搭檔的兩位，實際上最初的相遇真的是糟透了！完全不聽小智說話的皮卡丘、還有想要和皮卡丘交朋友但卻相當笨拙的小智，這樣的兩人究竟是如何成為夥伴的呢？透過閃耀著彩虹光輝的羽毛指引，兩人將開始踏上冒險的旅途！

走出便利店要回家的高中生菜月昴突然被召喚到異世界，並遭遇強盜迅速面臨性命危機。這時，一名神祕銀髮美少女和貓精靈拯救了一籌莫展的他。以報恩為名義，昴自告奮勇要幫助少女找東西。然而，好不容易才掌握到線索，昴和少女卻被不明人士攻擊而殞命。本來應該就這樣結束，但回過神來，昴卻發現自己置身在第一次被召喚到這個異世界時所在的位置。「死亡回歸」無力的少年得到的唯一能力，是死後時間會倒轉回到開始那一刻。跨越無數絕望，從死亡的命運中開拓未來！

故事講述在暑假前一天，一個非常炎熱的日子，東京下町區某中學一年級二班的所有男生突然全體失蹤。是出了事故？還是集團拐騙？都不是。 事實上，是他們在河邊的廢棄工廠裡建立了一個所謂的「解放區」，發起了針對大人們的「叛亂」……英治、相原、安永、日比野、天野司、中山瞳、久美子……這些初中一年級的學生，為什麼要這麼做？學校、家長甚至警察又會採取什麼措施？結果又會如何呢？這個曲折有趣的故事，反映了學生學業過重、學校對學生任意進行體罰等種種社會問題。

在日本，擁有女子高中生和殺手雙重面貌的美少女砂羽，生存在黑暗世界下，砂羽唯一能託付心靈是同樣生存在這世界的謎樣少年音不利。這兩人從一次任務認識後，互相吸引直到音不利背叛組織，砂羽追殺他才驚覺萌生出愛情。即使如此暗殺組織的戒律優先執行。最終，砂羽了結這一切後，究竟又到了何處？

故事的主舞台設在天才魔法師 惠惠 的故鄉－－紅魔之里。和真一行人將陪同惠惠回鄉，並面對意想不到的敵人，以及因為進入桃花期而囂張的和真。

影片為《哥斯拉 怪獸行星》續作。人類要從哥斯拉手中奪回地球的戰鬥仍在繼續。而打敗哥斯拉的關鍵卻是某神秘機械武器，而該武器早在兩萬年前就已經丟失。