現代忍者的雇主，是政治家、大企業的幹部們。持有強大權力的人當中，有著一些將忍者當作滿足自己欲望的道具的人存在。為了對抗這些在黑暗中的「惡忍」，政府開始執行了某個計劃―「善忍」―也就是養成屬於國家的忍者的秘密計劃。 為了養成「善忍」而成立的機構，「內閣特務諜報部一課付特殊機密諜報員養成所」，通稱、忍學科。在擁有一千名學生的名門升學學校「國立半藏學院」中，不為人知的內面。這個故事就是為了與邪惡戰鬥的『善忍』們，奉獻自己的青春，正在「國立半藏學院」忍學科中就讀的五名少女，她們愛與勇氣的軌跡。

魯邦三世與次元大介身處法國。故事在某處鄉間小鎮的公寓一室開始。包括毒品槍械等非法物資在內，任何物品都能購買的地下網站，馬可波羅。為了盜取虛擬貨幣，魯邦等人侵入了戒備森嚴的巨大服務器設施。他們在那裡遇到了神秘的天才黑客少女，阿米。魯邦和阿米一起正面應對馬可波羅的陷阱，但由於敵人設置的魯邦游戲，而落得被全世界監視的下場。阿米身上接連揭曉的謎團，以及知曉魯邦三世過去的男人出現——魯邦正陷入前所未有的絕境！

「蓮」是在槍與鋼鐵的世界《Gun Gale Online》一個人盡情遊玩的女性玩家，她最喜歡可愛的東西，全身的裝備也統一都是粉紅色，又在遊戲裡務實地鍛鍊與成長，累積了一身的實力。然後，因為遇到某件事讓蓮發現PK─狩獵玩家的樂趣，就是沉醉在PK當中，最後終於被別人稱為「粉紅色的惡魔」。如此的蓮，遇到了漂亮又神祕的玩家「Pitohui」，兩人意氣相投，她在Pitohui的建議下，參加了組隊混戰的活動「特攻強襲」。

故事主要是在描述在一個悠長的歷史之中，人類曾一度因被巨人捕食而崩潰。幸存下來的人們建造了一面巨大的牆壁，防止了巨人的入侵。不過作為「和平」的代價，人類失去了到牆壁的外面去這一「自由」。主人公艾連對還沒見過的外面的世界抱有興趣。在他正做著到牆壁的外面去這個夢的時候，毀壞牆壁的大巨人出現了……

被稱為「天人」的謎之外星人來襲，人類與天人之間的戰爭瞬即爆發，為數眾多的武士和攘夷派志士均參與戰鬥。幕府見識到天人強大的實力後，立刻低頭，放棄武士不管，並與天人簽訂不平等條約，准許他們入國。之後「廢刀令」頒發，使武士們已經忘記怎樣去貫徹自己的武士道。自此，幕府為天人所控制，形成「傀儡政權」，造成權利的腐敗，幫派和惡徒也因而肆意猖狂。在這樣的時代，一個仍舊保留著武士之魂的男人坂田銀時與同伴志村新八、神樂經營著萬事屋（什麼工作都接），愉快地過著異想天開的生活。

就在高中生大樹決定跟暗戀多年的同學杠告白的那天，一道奇怪的光線照過，瞬間全世界的人類都變成了石頭！一心只想著未完成的心願，讓大樹的心保持著清醒，就這麼度過了數千年。終於石化解除，令他驚訝的是眼前竟然是一排文字，叫他循線過來。大樹找到目的地，看到的竟是早他半年醒來的同學千空，於是大樹決定跟千空聯手，從無到有再度打造出人類的文明。