舞台架構在一個被斷崖絕壁所包圍的孤島。納茲等人為了取回名為「龍之淚」、這把寄宿著過去被人類殺死而充滿憤怒的龍魂的杖，守護世界和平而展開一場又一場的激烈戰鬥。

美音是世界上最受歡迎的神秘女歌手，也是歌歌果實的能力者。她首次出現在公眾面前的現場表演將舉行，世界各地的海賊、海軍，以及草帽一夥所有人都期待着她的聲音。這個故事源於美音是「紅髮傑克的女兒」的震驚事實。來自四方八面的人馬為爭奪美音而爆發出一場激烈的爭奪戰。 同時，美音也是魯夫在年少時的朋友，但隨著紅髮的航行就沒有再與魯夫見面。正當演唱會進行到一半時，路飛感到無聊打算離開時被美音阻止。在此故事才正式進入主線。原來美音的歌歌果實的能力是將聽歌者的心靈帶入異世界，因此美音打算讓所有的聽眾包括魯夫一行人進入他們的烏托邦，但最後被草帽海賊團、紅髮海賊團、BIG MOM海賊團、哈特海賊團、海軍以及CP0等人共同阻止下而終。

上山高中動畫同好會的5人，以葫蘆屋的甜甜圈起誓，發誓總有一天一定要一起製作動畫作品。她們畢業後各自在不同的地方從事著動畫製作，在《第三飛行少女隊》接近了那個夢想。那之後過了4年——在動畫的世界找到自己的歸宿而稍稍成長了的5個人，正應對新的苦惱、考驗。

在人們與風共度的城鎮風羅市，每年都會舉行一次風祭。在祭典的最後一天，傳說中的寶可夢洛奇亞會出現，並帶來恩惠之風。在這樣的古老傳說仍然流傳之際，聚集在城鎮的人們懷抱各自的心緒前去參加祭典。寶可夢的新手女高中生，莉莎。停不下說謊的吹牛男人，卡加奇。對自己沒有自信的軟弱研究家，托利托。厭惡寶可夢的古怪婆婆，翡翠。獨自一人佇立於森林中的神秘少女，拉爾戈。小智、皮卡丘與他們相遇，驅動起大家的故事。

劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。

電影版劇情接續電視動畫第二季結尾內容。 Aqours在最後一次以浦之星女學院學園偶像身分參加的「LoveLive!」中成功拿下冠軍。 但在為轉入新學校做準備的1年級，2年級學生面前，意想不到的災難接連發生!? 不僅如此，前往畢業旅行的3年級生竟然失蹤了!? 在各自分離後才初次意識到，彼此間的存在是如此重要… 為了踏出嶄新的一步，Aqours 追尋到的答案又是——? 邁向大家的共同目標，閃閃發光的前方！ 呈現給所有向未來展翅的人們，最閃亮的Live Entertainment Movie!