在近未來大都市的某一個角落有著一棟忍者宅邸，住在那裡的忍者一族名為石動，石動家的長女「律花」憧憬著身為學者的父親，並過著平凡幸福的生活。當以為平凡幸福的生活會持續下去時，卻在某一日石動家遭受到了襲擊，平凡幸福的生活遭受到了破壞，面臨絕望的危機，「律花」挺身而出對抗……成為「黑」之化身斬開黑暗！

隨著荒廢而逐漸滅亡的行星，厄立特里亚。而唯一殘留這片荒蕪的大地上的，就是由以「惑星再生」為夢想而埋首於研究中的科學家夫婦，以及二位女兒，阿米蒂埃和琦莉耶四人組成的弗洛利安家。但是隨著父親葛蘭茲弗洛利安因病倒下，惑星再生的夢想亦就此崩潰了。在這樣的時刻，琦莉耶決定往「遥遠的異世界」尋求醫治父親和惑星再生的希望。然而即使面對姐姐，阿米蒂埃的阻撓下琦莉耶還是執意和青梅竹馬的好友，伊莉絲共同前往遥遠的異世界。而兩人的目的地，就是那個被稱為「地球」的星球的極東地區上的日本。為了找到實現惑星再生夢想「關鍵」的琦莉耶和伊莉絲，把目標指向了住在日本三名少女上……

跨越過無數次數碼世界和人類世界的危機迎來的日常生活之中，人類和數碼獸的共存之道初見端倪。在這種情況下，世界再次掀起異變之前，成為大學生的太一等人集合起來。自1999年夏天開始的他們的漫長冒險，將迎來終結之時。這是“被選中的孩子們”即將成為大人之前，八神太一和亞古獸他們最後的冒險物語。

故事劇情為電視動畫的前傳，3rei系列中衛宮士郎和美遊兩兄妹的故事，「平行世界」中衛宮士郎與朔月美遊初次相遇，美遊的成長經歷和真實身份揭曉，面對朱利安對美遊的「聖杯」覬覦而將其虜走，士郎不敵下瀕死重傷，被神父綺禮所救後獲知朱利安的目的。在間桐櫻付出生命下，士郎利用階級卡化身英靈的贗品，再度闖進恩茲華斯家展開激戰，誓要奪回美遊。最終向聖杯許願讓美遊獲得幸福，從而讓美遊穿越到伊莉雅所在的世界，並與伊莉雅成為朋友，也就是《魔法少女☆伊莉雅》故事的開端。

這是一個禁止一切爭端、一切都由遊戲來定奪的世界「迪司博德」，造物主 特圖在艾爾齊亞的後街小巷，因空腹而倒下了，靠著伊綱的施捨而活了過來。為了答謝伊綱，特圖開始講述六千多年以前的故事。 在無敗的最強玩家 空與白降臨到這個世界的六千多年前，十六種族互相殘殺。大戰期間，有個率領著人類種部落的少年里克，他率領的五年內只有四十八人死亡，並保證了兩千多人的衣食居住。某次，里克相遇了一個脫離群體的機凱種 Schwarzer，從未被傳頌過的故事就此展開序幕。

《來自深淵 深沉靈魂的黎明》是電視動畫片《來自深淵》播出後推出的第一部續篇動畫電影，亦為該系列的第三部動畫電影。該片改編自土筆章人創作的漫畫作品《來自深淵》，電影劇情為全新原創故事。 這個各角落都被探索殆盡的世界，只剩唯一僅存的祕境——大洞穴“阿比斯”。在這個會延伸到哪裡不得而知，且深不見底的巨大縱向洞穴中，除了棲息著各種奇奇怪怪的生物之外，還藏有現今人類製作不出來的珍貴遺物。 “阿比斯”處處不可思議的景象，讓人們為之著迷，並前仆後繼地前去冒險。於是，數度挑戰這巨洞的冒險家們，後來便被稱為“探窟家”。住在建造於阿比斯邊緣的城鎮“奧斯”的孤兒莉可，夢想著有一天要成為像母親那樣的偉大探窟家，力圖解開阿比斯的謎團。 有一天，莉可母親的白笛被人發現，讓她毅然決定要潛入阿比斯深處。而莉可收留的失憶機器人·雷古為了找回自己的記憶，也決心和她同行。莉可在深界四層遭受穿彈獸的毒素折磨，而救了她的人就是“生骸”娜娜奇。娜娜奇加入後，他們繼續往波多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，遇到一個自稱是普魯修卡的女孩。