故事講述主角桃園奈奈生沉迷賭博的父親突然人間蒸發，主角被討債的人上門趕出家。走投無路的桃園奈奈生，在那時拯救了被狗追趕的軟弱男子。男子得知奈奈生的境況後，突然說出「把我的家轉讓給你吧」的說話。雖然奈奈生感到難以置信，但還是半信半疑地跟著去。但目的地竟是一間荒廢了的神社。那個軟弱的男子身份更是一名離家出走的土地神。作為神社轉讓的代價，奈奈生的新生活正式開始了。

黃昏乙女×失憶幽靈 以創立六十年的傳統而自豪的私立誠教學園，建立在一座小山上俯瞰著整個城市。不過，學園創立以來，以「舊校舍的幽靈」為首的各式各樣鬼怪故事和城市傳說在學生之間流傳。有一天，在校生新谷貞一遇見穿著舊式黑色水手服的女學生。那位女學生稱自己正是「舊校舍的幽靈」夕子，並希望貞一協助她找出自己的死因與真相。

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。

故事敘述喜歡魔術的高中生「黑羽快斗」某日意外發現了自己失蹤的父親，世界知名魔術師「黑羽盜一」其實是舉世聞名的神偷「怪盜基德」。意外得知父親當年是死於謀殺後，黑羽快斗決定繼承怪盜基德的身份並調查當年不為人知的真相。