故事發生在八月一日的茂下町，當時全町正舉辦煙火大會，主角島田典道和夥伴們就煙花的一些事情起爭論，但吵了一陣子後還是沒有結果，於是他們決定到燈塔觀賞煙花，以解決彼此的困惑。同時，典道班上的班花及川奈砂亦因母親再婚一事感到苦惱。後來她突發奇想，提議與典道一行人比賽游泳，再與勝者私奔。由此刻開始，典道為著追求某些結果而不斷努力，直至他最後看到的那幕煙花……

福音戰士新劇場版：終 / Evangelion: 3.0+1.0 Thrice Upon a Time 這是《福音戰士新劇場版》的第四部，也是最終版。美里以及她的反 Nerv 組織 Wille 來到巴黎，這裡被核心染成紅色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有720秒能修復這個城市。Nerv的福音戰士群出現時，真理的EVA改八號機進行攔截。與此同時，真嗣、明日香和綾波零（暫定名）在日本的土地上徘徊。

在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

描繪福島的現在，再平常不過的相遇的故事。這個世界，仍然有愛。

突然襲向全世界的一個前所未有的大災難“第二次沖擊”。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第三新東京市。當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為“使徒”的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人EVA初號機的相遇。雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次沖擊背後的“人類補完計劃”的真相又是什麼？ 掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地註視著苦戰的真嗣……

偶然相遇的類型完全不同的【朱里】和【由奈】，朱里的小舅子【理央】和由奈的青梅竹馬【和臣】住在同一棟公寓，上同一所學校的高中1年級。憧憬理央的由奈，抱著對朱里不能說的想法的理央，抱著秘密的朱里，目擊了某個秘密的和臣。各自的想法錯綜複雜地交織在一起，越想對方就越擦肩而過——痛苦的戀情開始了。