伊莉雅是一个就读穗群原学园的普通女孩子，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。而已是红宝石之星持有人的她，还变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收沉睡于冬木市的某危险的卡片……

新宿區的東邊區域，在那個混沌城鎮的中心閃爍著霓虹燈，伴隨著強光產生的影子的，是廣闊的歌舞伎町。壞人潛藏在黑暗中，在那裡的深處有個叫偵探長屋的地方亮起了燈，那是哈德遜夫人經營的長屋。在那個地方有各式各樣古怪的客人。有充滿野心的潔癖偵探，男性化行動的姊妹偵探，曾經是刑警的大叔偵探，被黑道踢出門的小哥偵探，此外還有喜愛落語的天才偵探夏洛克‧福爾摩斯。在開膛手傑克獵奇殺人的那天晚上，舞台就此拉開了序幕，在這些偵探交集的包圍網上，夏洛克、華生、莫里亞蒂，這三人的友情的發展是，是推理，還是喜劇？讓人無法判斷的戲劇《歌舞伎町夏洛克》就此展開的。

在學校裡就如同空氣般毫無存在感的高中生「三森燈河」，與同班同學一起被視為勇者召喚到了異世界。在女神薇希斯的鑒定下，同學們逐一被斷定出擁有S級或A級的能力，其中卻只有燈河被宣告是最低級別的E級，成為了被「廢棄」的對象。被遺棄至存活機率為零的遺跡中的燈河，決定運用被視為廢柴技的「狀態異常」來試著逃出遺跡。從那天起，心中燃起了對女神薇希斯復仇之火的青年，就此決定不再做一個人畜無害之人，逐漸表露出深藏於他心底的本性……「開始吧，生存競爭！」原本一心扮演背景人物的E級勇者，一路攀上絕對最強地位的逆襲故事，就此開幕！

高中畢業後，因為游泳而互相牽絆的遙等人朝著不同的方向前進。遙在東京，與曾經一同游過接力的椎名旭相遇了。喚醒了中學時代記憶的遙，心中蘇醒的是那時的郁彌的身影。和遙一起前往東京的真琴，開始朝著新的夢想前進。來到悉尼的凜，在新的天地實現了意外的相遇。在各自的未來中等待著他們的是新的戰鬥吧。還是，與殘留的過去的記憶對峙？小學生、初中生、高中生，然後是大學生。遙和朋友們在水中編織出的關於友情和青春的故事在第三季中相互交融！

故事講述了高中生莊敦大和他交往四年的女朋友片桐音，敦大平時總是對小音滿嘴「煩人」，然而內心真實面貌其實是超級喜歡自己的女友小音。​

無法融入環境，內心抱有強烈孤獨的少年・結希，無依無靠之時離開了故鄉，來到音樂家們活躍、令人憧憬的街道・HARAJUKU，並看見視覺系團體「ECLIPSE」與「LOS†EDEN」的 LIVE 對決。然而被舞台上的能量震懾之時，突然一股疼痛襲向結希──