場版內容是電視動畫的總集篇，前篇標題是《來自深淵 啟程的黎明》，後篇標題是《來自深淵 流浪的黃昏》，兩部會在2018年冬天上映。另外，還有新作故事動畫正在製作。 本作為TV版總集篇：總集篇(上) 啟程的黎明總集篇(下) 流浪的黃昏

故事將講述遊歷各地的圓桌騎士・貝德維爾將到達他旅程的盡頭，公元 1273 年的耶路薩冷。原本祈禱之地變成了一大片沙漠，居民被迫離開家園，而此處也被奉命保護獅子王和聖督的「圓桌騎士」、領地被召喚與此的「太陽神・奧茲曼迪亞斯」，以及土地被奪走伺機反抗的「山之民」三大勢力所佔據。為了修復人理，來自迦勒底的瑪修、達文西以及人類最後的 Master・藤丸將與貝德維爾共同展開最後的探索之旅。 全 2 部: BTSync

武藤遊戲與身體內的另一靈魂法老王「亞圖姆」（闇遊戲）正式道別後，重新回歸平凡的學校生活。但將亞圖姆視為勁敵的海馬瀨人，在消失的地方發掘「千年積木」並打算將其重新完成，試圖再度復活亞圖姆並與他決鬥。海馬集團的挖掘團隊挖出千年積木後，工作遭迪瓦中斷，他與海馬決鬥並取走了積木的兩塊碎片，並將一塊碎片交給他的妹妹塞拉保管，但塞拉將碎片交給武藤遊戲。 迪瓦以假名藍神與遊戲等人建立友誼，並注意到遊戲的朋友貘良，他認為貘良殺死了自己的導師夏迪，便使用他的能力將貘良送到另一個次元。貘良對此道歉並解釋自己當時的行為是受到千年智慧輪內的邪神影響而導致。 海馬瀨人使用電腦重組千年積木後，發現遺失了兩個碎片，便挾持藍神並告知遊戲、強迫他們參加自己設計的新型決鬥盤的展示會。在展示會上，海馬打算透過決鬥擊倒藍神和遊戲以取得他們手中的碎片，但由於貘良仍在另一次元，遊戲便要海馬讓自己先與藍神決鬥。 遊戲擊倒了藍神，讓貘良得以歸來。當遊戲與海馬對決時，遊戲組裝了千年積木並表示亞圖姆的靈魂已不復存在。他們的決鬥被受到千年智慧輪影響的藍神中斷，海馬便和遊戲搭檔挑戰藍神。海馬在決鬥中犧牲自己以保護遊戲，在消失前、他要遊戲一定要讓亞圖姆復活。在決鬥最後、遊戲成功喚出了亞圖姆並打倒藍神，亞圖姆和千年積木在那之後都消失了，而海馬也平安歸來。 故事的最後，遊戲等人順利從童實野高中畢業，其青梅竹馬杏子也在機場與遊戲及其他人道別，正式前往美國紐約留學，實現成為職業舞者的夢想，而海馬用他的科技重現了藍神的能力，讓自己的意識去到冥界與亞圖姆見面。

故事講述在暑假前一天，一個非常炎熱的日子，東京下町區某中學一年級二班的所有男生突然全體失蹤。是出了事故？還是集團拐騙？都不是。 事實上，是他們在河邊的廢棄工廠裡建立了一個所謂的「解放區」，發起了針對大人們的「叛亂」……英治、相原、安永、日比野、天野司、中山瞳、久美子……這些初中一年級的學生，為什麼要這麼做？學校、家長甚至警察又會採取什麼措施？結果又會如何呢？這個曲折有趣的故事，反映了學生學業過重、學校對學生任意進行體罰等種種社會問題。

跨越過無數次數碼世界和人類世界的危機迎來的日常生活之中，人類和數碼獸的共存之道初見端倪。在這種情況下，世界再次掀起異變之前，成為大學生的太一等人集合起來。自1999年夏天開始的他們的漫長冒險，將迎來終結之時。這是“被選中的孩子們”即將成為大人之前，八神太一和亞古獸他們最後的冒險物語。

故事以被稱為「小新秀」的主角貝爾，以及「赫斯緹雅眷族」的主神赫斯緹雅為中心。高掛在天空的月亮照亮著沉浸傳承自神時代慶典「神月祭」的氣氛中的迷宮都市，靜靜著等待著英雄的誕生，以及全新的冒險過程。