他們向著命運抗爭，在那盡頭等待他們的是人心，還是業障。時值亂世。名為景光的醍醐將軍，向某個寺廟殿堂中的12尊魔神像祈求早日結束戰亂。作為代價，他的嫡子在出生時就失去了身體的某些部位，被丟棄在河流中。時光流逝，魔神遂行了與景光的約定，平安籠罩著這個國家。而在某一天，居無定所的年幼“多羅羅”，遇到了一個少年。那是鬼、還是人——雙腕是刀、全身各處都是人造之物的少年“百鬼丸”。一切妖魔鬼怪的真身，在他看不見的雙目中無所遁形。

政府為了對抗目的為干涉過去歷史的「歷史修正主義者」，擁有將刀劍喚醒的力量的審神者以及刀劍的付喪神「刀劍男士」送往各個時代，展開戰役。則以本丸為舞台，描寫刀劍男士們日常物語。

高中入學的蘆屋花繪，是一位完全不相信妖怪和幽靈的少年。然而一週前卻在路上不小心踩到一個形似毛球且不會說話的妖怪並且被他所附身，導致每天身體狀況越來越糟。從此他葬送了平凡的高中生活，關於現世與隠世的故事就此開始。

桃瀨成海是一個深藏腐女屬性的OL，不過在情場上十分失意。而二藤宏嵩是桃瀨的青梅竹馬，雖然是個徹頭徹尾的死宅，但是長著一副英俊的面孔帶著酷冷的形象。在桃瀨情場失意時作為青梅竹馬的二藤迅速拉近了與桃瀨的感情距離，一臉淡然的告白之後正式交往……

傀儡馬戲團 「不管發生什麼事都要用心思考，現在該怎麼做。還有該笑的時候就不要哭。」才賀是日本大財團，以高科技產品聞名，才賀集團的各式各樣機械技術之所以處於領導地位，是因為才賀家的男性由他們的祖先到現在都很喜歡機動木偶，所以對於機械設計頗有心得。才賀集團主席才賀貞義和情婦生下一個小孩子，名叫勝。勝還是一個小學生，在才賀貞義因為交通意外身亡後，繼承了所有遺產。這樣的安排當然使貞義其他的子女不滿，他們雇人追殺勝。就這樣，才賀勝、加藤鳴海、白銀、這三位主人公的命運的齒輪，與兩百年來人與自動傀儡之間的血雨腥風連在了一起。

浦島是一個距離日本本土很遙遠的島嶼，某一天，自稱來自未來的青年三千界切那漂流至這個島上，並宣稱要改變浦島的未來。