舞台架構在一個被斷崖絕壁所包圍的孤島。納茲等人為了取回名為「龍之淚」、這把寄宿著過去被人類殺死而充滿憤怒的龍魂的杖，守護世界和平而展開一場又一場的激烈戰鬥。

跨越過無數次數碼世界和人類世界的危機迎來的日常生活之中，人類和數碼獸的共存之道初見端倪。在這種情況下，世界再次掀起異變之前，成為大學生的太一等人集合起來。自1999年夏天開始的他們的漫長冒險，將迎來終結之時。這是“被選中的孩子們”即將成為大人之前，八神太一和亞古獸他們最後的冒險物語。

全日本最會寫筆記的小學生「青山君」，有著不輸給任何大人，既聰明又優秀的頭腦。某天，親眼目睹一大群阿德利企鵝突然出現在牙科醫院前面，一隻又一隻地搖頭晃腦地排隊踱步，形成不可能在南極以外出現的「企鵝公路」，在小鎮上引起了大騷動！而這群企鵝似乎是被丟到半空中的可樂罐變成的，這是誰做的呢？為了解開這個謎，「青山君」展開一連串「企鵝公路」的研究計畫…

缺乏自信的高中女生永阪霞，某一天在不可思議的聲音引導被召喚到了異世界巴貝爾大陸。那是個被傳說的存在·暗黑龍戴斯特魯克封印了煉金術和魔法，“暗之魔人”橫行的世界。小霞和召喚她至此的魔法使莉茲，還有槍手艾德加相遇。莉茲本打算是召喚能封印“暗黑的幻影兵的”人，不過小霞並沒有那樣的力量。莉茲和艾德加因指望落空而感到沮喪，但也不能放著小霞不管，於是帶著她一起前往抵抗軍的村莊。在那兒，小霞發燒倒下了。小霞身在巴貝爾大陸卻毫無力量…

還記得那個咒文嗎？歸國子女會社員米蕾，教員志願的大學生空，自由職業者麗華，將年齡，住所，煩惱一切都不同的三人聚集到一起的是-魔法玉！？在不可思議的機緣之下一同踏上旅程，率直而略顯笨拙的她們，即將開始新的魔法故事！

本次特別篇的內容主要講述為了想看鯨魚的結衣，大家要在ALO中進行水中挑戰，但是非常令人驚訝的是直葉不會游泳。於是亞絲娜她們就在現實世界中開始對直葉進行游泳特訓。