魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。

一個被不良迫害威脅的高中生，六道桃助。某天收到過世的爺爺送來的包裹，裡面是一個謎樣的卷軸和陰陽師般的衣服，而使用這個卷軸後的桃助，突然間桃花運朵朵開，但盡是收到些不良女的愛慕眼神！？

十年前只看過一次星星的少女——私立戒指學園中等部二年級的瞳島眉美。她要找的東西，由被傳聞將校內的糾紛解決為非正式非公開非營利性的謎團“美少年偵探團”承包。個性過於豐富，實際上是所有麻煩的元兇。被五個“美少年”圍繞著，熱鬧而危險的日子開始了。

花垣武道看到前女友橘日向及其弟直人捲入「東京卍會（東卍）」鬥爭喪命的新聞，接著他因事故穿越回中二時，他藉機告訴直人未來之事，誰知講完話後雙方握手，武道就回到現代，而原應死亡的直人成為刑警出現。直人拜託武道回2005年，阻止使東卍從暴走族壯大為黑幫的「佐野萬次郎」與「稀咲鐵太」相遇以拯救日向。武道再穿越，認識了東卍總長萬次郎與二把手龍宮寺堅，他發現兩人都非惡人，與後來無惡不作的東卍迥異，遂回現代尋找線索得知龍宮寺當年死於東卍內鬥。

橘色骄傲 位於日光市的冰上曲棍球隊伍「Dream Monkeys」。由「Dream Monkeys」舉辦的體驗教室吸引了居住在當地的中學生，愛佳 與被她強行拉去的妹妹 彩佳、青梅竹馬的 薰子 以及 真美。同樣是參加者的還有 梨子 與 尚美 的身影。在練習結束後，所有人都被冰上曲棍球的魅力給迷上。並且喊道「下週也再來參加吧」。爾後被監督的 羊子 邀請的 愛佳、彩佳、薫子，以及 梨子 與 尚美 皆正式成為了「Dream Monkeys」所屬成員。在那之中，所屬實力強大隊伍「釧路スノウホワイト」的有名選手・優，辭去了隊伍還決定放棄冰上曲棍球並來到了祖母居住的地方 日光。「已經不想再次有所牽扯到了」原本這麼想的 優 再次被吸引回去的原因是因為 羊子 與 愛佳 等人。就這樣迎來 優 的…

少年利歐是住在貧民窟的孤兒。他在七歲時的某一天，突然想起曾身為日本大學生「天川春人」的記憶，然後發現自己轉生到了劍與魔法的異世界。利歐因想起這份記憶，腦袋非常混亂，但他也在同時意識到體內擁有強大魔力，於是使用那份魔力為解決綁架事件做出了貢獻。此功績讓他獲得高度評價，於是破例得以進入各地貴族子女雲集的名校就讀！