本作講述小智和皮卡丘來到叢林與一名神秘少年相遇後發生的故事。

劇場版動畫《黑子的籃球 LAST GAME》改編自藤卷忠俊創作的漫畫作品，講述了奇蹟的世代與美國街球球員比賽的故事。

在人們與風共度的城鎮風羅市，每年都會舉行一次風祭。在祭典的最後一天，傳說中的寶可夢洛奇亞會出現，並帶來恩惠之風。在這樣的古老傳說仍然流傳之際，聚集在城鎮的人們懷抱各自的心緒前去參加祭典。寶可夢的新手女高中生，莉莎。停不下說謊的吹牛男人，卡加奇。對自己沒有自信的軟弱研究家，托利托。厭惡寶可夢的古怪婆婆，翡翠。獨自一人佇立於森林中的神秘少女，拉爾戈。小智、皮卡丘與他們相遇，驅動起大家的故事。

劇情接自《命運石之門》動畫第25集（OVA）。 2011年8月，岡部倫太郎抵達命運石之門已過一年。這是真由理和紅莉栖都不會死亡，未來未知的世界。平常在美國的紅莉栖因故回來日本，正當眾人為了歡迎她而聚在一起烤肉時，岡部開始看到幻覺：一開始是過往他於其他世界線上的記憶突然鮮明起來；後來更出現他不曾待過的世界線的「記憶」。隔天，紅莉栖的飯店遭人闖入，留下了「電話、電話微波爐、SERN」的訊息。紅莉栖稍後遇到岡部，兩人談起其他世界線、命運探知。紅莉栖剛說既視感也許是一種命運探知，岡部便突然從她眼前消失。 之後一週，即使世界照常運轉、沒人覺得不對勁，紅莉栖一直覺得似乎忘了什麼。她依在飯店收到的提示造出了時間跳躍機，將自己的記憶送回烤肉當晚，發現忘掉的是岡部。此時鈴羽現身，表明自己是為了拯救岡部而搭乘時間機器從未來而來，並說明岡部消失是因為承受了太多其他世界線的記憶，無法將命運石之門世界線認知為現實。然而岡部拒絕接受幫助，藉自身經驗說明改變過去是非常危險的事。隔天，紅莉栖再度目睹岡部消失。因為進行過一次時間跳躍，她勉強記起了岡部，但因他的話決定不改變過去。 鈴羽預言紅莉栖會矛盾一輩子，最後造出時間機器、推出拯救岡部的方法，卻又不准任何人改變過去。紅莉栖辯不過她，被說服搭上了時間機器。拯救岡部的方法是不改變既定事實，只改變岡部的記憶。紅莉栖選定對岡部而言曾發生重大事件的2005年下手，過程中卻不小心讓年少的岡部出車禍。雖然岡部因為世界線收束而不會死在那，紅莉栖仍不敢再輕易嘗試回到過去。回到研究所，她發現其實眾人還依稀對岡部有印象，再度下定決心回到過去。她跟少年岡部講述「鳳凰院凶真」等岡部的「瘋狂科學家」設定，並取了他初吻，成功給他難以磨滅的記憶。回到2011年，岡部因該份記憶而能認知此世界線和其他世界線的不同，因此回歸命運石之門世界線。

草帽海賊團收到「海賊萬博會」主辦人布埃納·費斯塔的請柬前往該世界頂尖的祭典。萬博會上的主打是尋找「海賊王」哥爾·羅傑所遺留的寶藏。然而，在萬博會的背後，外號「最惡戰爭發動者」的布埃納·費斯塔的凶行，與想把海賊一網打盡的海軍也展開行動，左右時代霸權的財寶爭奪戰拉開序幕。 突然，原羅傑海賊團船員，外號「鬼之繼承者」的道格拉斯·巴雷特闖入並擋在一眾海賊面前。海賊、海軍、王下七武海、革命軍以及CP-0等眾多角色也將亂入發展成混亂的戰鬥。 劇場版: BTSync

劇場版 デジモンアドベンチャーtri 第6章「ぼくらの未来」