在2022年，以量子物理學者兼天才遊戲設計師而聞名於世的程式設計師——茅場晶彥，成功開發世界第一款完全潛行專用的裝置「NERvGear」。「NERvGear」裝置機器具有虛擬實境（VR）的功能，外型類似包覆頭部的拳擊用護具，創新的設計替世界帶來無限可能，無論是醫療、通訊、交易等。因「SAO事件」而產生以「強化安全性」的後續機種——「AmuSphere」。四年後，猶如與前兩款虛擬實境裝置抗衡的新世代擴增實境（AR）機種「奧格瑪（Augma）」問世。其裝置號稱取消「完全潛行」功能並將擴增實境功能發揮到極致，讓使用者能在清醒的狀態下使用，同時搭配更吸引玩家的一款名為《Ordinal Scale, OS》的專屬 ARMMO RPG 遊戲，在這樣既方便又安全機制下，讓「奧格瑪」短時間就在玩家間廣為流傳、蔚為風潮。劇情主軸承接動畫版第二季的時間序之後。

知道天空有多藍的人啊/見過湛藍天空的人啊 居住於被山環繞的小鎮，17 歲的高二生相生葵無意於備考，只顧著彈奏最喜歡的貝斯，沉浸在音樂的世界中，讓姊姊茜擔心不已。姊妹倆在 13 年前失去了父母，當時高三的茜原本打算與戀人一起到東京發展，卻因為這起事件放棄上京，放棄戀愛、青春，毅然決定扶養妹妹長大。某天鎮上舉辦音樂祭，出現在演出名單上的「金室慎之介」，是姊姊茜以前的戀人，也是教會葵音樂美好之處的人。此時，「他」突然出現了。「他」是從過去穿越而來的 18 歲的慎之。從沒想過會再與高中生姿態的慎之介再相會，葵漸漸愛上了他……連結過去與未來，四人之間揪心的四角關係，「第二次的初戀」即將展開。

2007年的東京，遠野貴樹在從事系統工程師的工作，過著忙碌的日子。出來社會工作後，季節和季節、年和年之間的區分變得曖昧起來，不知不覺就過了數年。那年年尾，貴樹和交往了3年的水野理紗分手了。 2008年，貴樹在春天來臨前辭職了。他既覺得有無數的理由要他這樣做，同時又覺得能令自己接受的理由其實一個也沒有。不久空氣慢慢變得暖和，櫻花的季節也到訪東京。在一個恬靜的平日，中午過後，貴樹披上薄外套，走在街上。經過鐵道時，與迎面而來的女子擦肩而過的瞬間，猛然想起了多年未見的明里。在通過鐵道緩緩轉過身，兩人目光交錯，就在心與記憶即將沸騰的瞬間，卻被疾馳而過的小田急線列車擋住了視線。而在電車通過時貴樹就已在心中下了決定，待電車通過後發現女子早已離去時微微一笑轉過身去。 劇場版: BTSync

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真希波奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣，但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……

向水雛子是一個衝浪愛好者，因為大學的關係而要搬到海邊城市居住，她雖在海浪之上無所畏懼，但卻對自己的未來沒有自信。在一次火災中，雛子與消防員雛罌粟港結緣，兩人很快便墜入愛河，但就在兩人發展成密不可分的關係時，港卻在一次海難意外中失去性命。再也無法面對自己最喜歡的大海，日漸憔悴的雛子，某天無意中哼起了兩人常唱的歌曲時，港卻在水中出現，並說： “我們不是已經約好了嗎？我會一直幫助雛子的。” 雛子很高興再次見到已經死去的港，但為何要為這對情侶的未來帶來奇蹟？港再次出現的目的又是什麼？