突然襲向全世界的一個前所未有的大災難“第二次沖擊”。這災害令接近半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞的痕跡。正當人們以為終於回復和平日子的時候──14歲的少年碇真嗣被父親召來第三新東京市。當他正等待迎接時，眼前的山間突然出現一隻巨型生物！這是被稱為“使徒”的神秘存在，它正與國連軍展開激烈交戰。受到爆風波及，陷入危機的真嗣。把他救出的是一位名為葛城美里的女性。乘坐美里的車來到特務機關NERV總部，真嗣和他父親相隔十年終於再見。然而，真嗣卻被父親碇源堂帶往參觀秘密開發的巨大人型兵器，更被迫與使徒對抗。這就是真嗣與人造人EVA初號機的相遇。雖然真嗣採取反抗態度，但當他看到女性駕駛員綾波麗的傷勢後，終於否定了逃避念頭，決意出擊。在未受任何訓練之下，首次與使徒對峙的EVA初號機和真嗣。被託付了全世界命運的14歲少年真嗣，到底會怎樣戰鬥？還有隱藏在第二次沖擊背後的“人類補完計劃”的真相又是什麼？ 掌握著所有謎團的碇源堂，只是靜靜地註視著苦戰的真嗣……

在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾，與沈默寡言的綾波麗不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子裡，彼此鬧出不少的笑話，他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生，不久後，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗。

在京都居住的內向男高中生直實（北村匠海 配音）的面前，突然出現從10年後穿越而來26歲的自己（松坂桃李 配音）。未來的直實告訴他，自己不久便會與琉璃（濱邊美波 配音）相愛，可是之後煙花大會時她卻會因為一場事故意外離世。為了拯救愛人，16歲的直實捲入了這場現實與虛擬的記憶世界，經歷了一系列超乎想像的事情。即使世界毀滅，我也想再見你一面。 劇場版: BTSync

貧窮高中生上杉風太郎，為了讓討厭念書、眼看就要被留級的五胞胎姊妹順利高中畢業，因而成為她們的家庭教師，在五胞胎姊妹拼命努力下，終於順利升上高中三年級。畢業旅行結束後，再過不久將要畢業，她們也各自開始思考未來的事。一起共度了許多時光，五胞胎姊妹發現自己對風太郎的戀慕之情，風太郎也漸漸被她們吸引……

在重力已然崩潰的東京，少年與少女的心在互相吸引——因為傾瀉於全世界的泡泡，東京的重力崩潰了。失去了供給的東京，被失去家人，無家可歸的年輕人們當成了遊樂園，他們還在此展開了於建築之間縱橫跳躍的團體跑酷比賽。其中有一個隊伍的王牌選手“響”，以其極為危險的動作引人注目，但在某一天，他因為自己那超脫常規的動作而落入了重力紊亂的海中。而一個有著不可思議力量的少女“歌”突然出現，救下了他的性命。只有他們兩人，能聽到一種特殊的聲音……歌為什麼會出現在響的面前呢？兩人的邂逅，將會帶來改變世界的真相。

14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三衝擊，使世界發生前所未有的巨變。在此之後，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真希波奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣，但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這裡，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那裡得知自己將和美少年渚薰共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……